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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001342

染色体: Chr01 坐标: 26681983-26688397 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001342
名称SmilChr01G001342
描述splicing factor U2af large subunit B-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向26681983 - 26688397 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017262
GeneID131017262
locus_tag-
NCBI NameLOC131017262
原始查询LOC131017262

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述splicing factor U2af large subunit B-like
产物splicing factor U2af large subunit B-like
ArabidopsisAT4G36690 (ATU2AF65A)
U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829822]
identity=81.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0636900 (U2AF65A)
-
identity=75.9; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000243 (commitment complex); GO:0005634 (nucleus); GO:0006397 (mRNA processing); GO:0008187 (poly-pyrimidine tract binding); GO:0016607 (nuclear speck); GO:0030628 (pre-mRNA 3'-splice site binding); GO:0071004 (U2-type prespliceosome); GO:0089701 (U2AF complex)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017262

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801980.1
2 Nuclear speckle 核斑点 1.00000 XP_057801980.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057801986.1
4 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801986.1
5 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057801980.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:26683164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C25
Chr1:26683178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B41,B78,C10
Chr1:26684326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B29
Chr1:26684395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B41,C10
Chr1:26685951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:26686068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C53,C78
Chr1:26686755 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 3 C25,C48,D4
Chr1:26686755 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 3 C25,C48,D4
Chr1:26686762 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 3 C25,C48,D4
Chr1:26686762 A AGG 2bp_insertion CDS_variant 3 C25,C48,D4
Chr1:26686808 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 6 B22,B42,B43,B63,C41,D7
Chr1:26686972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B131,B6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801980.1
578 aa
N
1
289
578
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 365-434 aa PF00076 RRM_1 501-561 aa
XP_057801983.1
578 aa
N
1
289
578
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 365-434 aa PF00076 RRM_1 501-561 aa
XP_057801986.1
383 aa
N
1
192
383
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 170-239 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057801992.1
383 aa
N
1
192
383
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 170-239 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057801997.1
383 aa
N
1
192
383
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 170-239 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057801998.1
383 aa
N
1
192
383
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 170-239 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057802000.1
383 aa
N
1
192
383
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 170-239 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801980.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 365 434 6.1e-35 119.6 RNA recognition motif
XP_057801980.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 501 561 6.1e-35 119.6 RNA recognition motif
XP_057801983.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 365 434 6.1e-35 119.6 RNA recognition motif
XP_057801983.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 501 561 6.1e-35 119.6 RNA recognition motif
XP_057801986.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 170 239 7e-36 122.7 RNA recognition motif
XP_057801986.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 7e-36 122.7 RNA recognition motif
XP_057801992.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 170 239 7e-36 122.7 RNA recognition motif
XP_057801992.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 7e-36 122.7 RNA recognition motif
XP_057801997.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 170 239 7e-36 122.7 RNA recognition motif
XP_057801997.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 7e-36 122.7 RNA recognition motif
XP_057801998.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 170 239 7e-36 122.7 RNA recognition motif
XP_057801998.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 7e-36 122.7 RNA recognition motif
XP_057802000.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 170 239 7e-36 122.7 RNA recognition motif
XP_057802000.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 7e-36 122.7 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945997.1
TCAACTGATGGACGGCTCTGATCCATTATTCCTATCCTATAGCTCATCTTCTGTGTGTCTTTGACTTCCCTACTTGTTTCTAACCCTAATATATATCCATTCTCTTAATTCCGCTTCTCCTTCGTCTGCATCTTCAATTCCAGAGTTTGGGGACGCAGCAGCAGATTCGAGAAAAGGTTCAAACATTGTTTTCAGATGGCAACTCACGAAACTGATGGAAATTCCCTTTCTCCATCTCGTACAGAATCACCCGAACCAGC...
XM_057946000.1
TCAACTGATGGACGGCTCTGATCCATTATTCCTATCCTATAGCTCATCTTCTGTGTGTCTTTGACTTCCCTACTTGTTTCTAACCCTAATATATATCCATTCTCTTAATTCCGCTTCTCCTTCGTCTGCATCTTCAATTCCAGAGTTTGGGGACGCAGCAGCAGATTCGAGAAAAGATGGCAACTCACGAAACTGATGGAAATTCCCTTTCTCCATCTCGTACAGAATCACCCGAACCAGCAGCCATGCAGGAGAAGTCT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131017262
ATGGCAACTCACGAAACTGATGGAAATTCCCTTTCTCCATCTCGTACAGAATCACCCGAACCAGCAGCCATGCAGGAGAAGTCTCACAAAGGTTCCTCAAGTTCTGGATCCAAGCATGAATCTCGTGAACATGCTAGAGATAGGGAGAGAGAGTCCTCTAAAAGCAGAGACAGGGAGAGGGAAAGAGGTCGAGAAAAAGATAGAGATAGGGACAAAGAGAAGGATAGGGAGCGAGAAAGGGAGAGGGACAAAGACAGAGA...
LOC131017262
ATGGCAACTCACGAAACTGATGGAAATTCCCTTTCTCCATCTCGTACAGAATCACCCGAACCAGCAGCCATGCAGGAGAAGTCTCACAAAGGTTCCTCAAGTTCTGGATCCAAGCATGAATCTCGTGAACATGCTAGAGATAGGGAGAGAGAGTCCTCTAAAAGCAGAGACAGGGAGAGGGAAAGAGGTCGAGAAAAAGATAGAGATAGGGACAAAGAGAAGGATAGGGAGCGAGAAAGGGAGAGGGACAAAGACAGAGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057801980.1
MATHETDGNSLSPSRTESPEPAAMQEKSHKGSSSSGSKHESREHARDRERESSKSRDRERERGREKDRDRDKEKDRERERERDKDRDRERDKDRERERDKDRDRHHRDRHRDRSERRERTRDRDDDDDYYRSRDYDRRKDYDKGREERHRHRSRSRSRAKSEHRSRSRSRSRSKSKRMSGFDMAPPAALLPNTAAAVAGQLPGVTPTLPGMFPNILPLPGGQFGALPAMPVQAMTQQATRHARRVYVGGLPPTANEQSVA...
XP_057801983.1
MATHETDGNSLSPSRTESPEPAAMQEKSHKGSSSSGSKHESREHARDRERESSKSRDRERERGREKDRDRDKEKDRERERERDKDRDRERDKDRERERDKDRDRHHRDRHRDRSERRERTRDRDDDDDYYRSRDYDRRKDYDKGREERHRHRSRSRSRAKSEHRSRSRSRSRSKSKRMSGFDMAPPAALLPNTAAAVAGQLPGVTPTLPGMFPNILPLPGGQFGALPAMPVQAMTQQATRHARRVYVGGLPPTANEQSVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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