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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000670

染色体: Chr03 坐标: 7495119-7508680 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000670
名称SmilChr03G000670
描述salviol synthase-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向7495119 - 7508680 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017280
GeneID131017280
locus_tag-
NCBI NameLOC131017280
原始查询LOC131017280

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salviol synthase-like
产物salviol synthase-like
ArabidopsisAT5G25180 (CYP71B14)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832589]
identity=37.4; qcov=0.994; evalue=2.77e-114; confidence=medium
RiceOs03g0593600 (CYP71W1)
-
identity=42.9; qcov=1; evalue=3.4e-138; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017280

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057801989.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057801989.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801989.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801989.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801989.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:7495343 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr3:7495398 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 12 B100,B106,B110,B113,B119,B123,B27,B4,B45,B99,C76,D1
Chr3:7495411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr3:7495437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:7495608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:7495789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:7495885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr3:7496054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B113,C30,C48,D6
Chr3:7496074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,C42,C60
Chr3:7496126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D8
Chr3:7496127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B32,B33,B47,C45,C49
Chr3:7508170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801989.1
508 aa
N
1
254
508
p450
C
PF00067 p450 39-487 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801989.1 Pfam PF00067 p450 Domain 39 487 1.9e-96 324.4 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946006.1
TATAAAGCTATTGGCTATTGTTAGTTAGATTGTCTAGCTAGTTGAATTATCACAACTCTAGATATATAGCAATAGTAAAAAATAATATAAAAATAATGAATTGAAATACGAAATTCGATACGATGGAGAATCTCAAGTGTCTATAAAAACCCAATTAACTAGATCCAAAGTCTAAACATCTAAATCCCAAATTCTTCAATTTATAGCCAGCCCTCATGGACTTCGACACTCCCTCTATCCCCTTTCTCATTTCCATCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017280
ATGGACTTCGACACTCCCTCTATCCCCTTTCTCATTTCCATCTTTATGTTCGTAGTATTCGTGTTCGTGTTCGTGTCCGTGCTTTCCAAAACCGGCAAGCGGAGCACAGATCTCCCTCCGGGGCCGCGGAAGTTGCCTTTTATAGGCAACTTGCATCTCCTCGCCGGCTCTGCTCCACCCCATCATATTTTTGCAAACTTGGCCAGTAAATACGGACCCTTGATGCACCTAAAACTAGGCGAAATCGGCGCCGTAGTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801989.1
MDFDTPSIPFLISIFMFVVFVFVFVSVLSKTGKRSTDLPPGPRKLPFIGNLHLLAGSAPPHHIFANLASKYGPLMHLKLGEIGAVVVSSPETAKEFLRTNDVVFASRPSLLATEINCYGNTDIAFSPYGDYWRQLRKICTLQLLTARRVQSFRPIREGEVSELCKWIALREGSTINLTEKLTTTNLNIMIMAAFGKKSGEAAKLKDIIKEAQEFLNVFNIVDVYPSFKFLRLFSRMRKKIEEHHRHLNRITESVIEERRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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