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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000678

染色体: Chr03 坐标: 7562402-7566253 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000678
名称SmilChr03G000678
描述uncharacterized SmilChr03G000678
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向7562402 - 7566253 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017283
GeneID131017283
locus_tag-
NCBI NameLOC131017283
原始查询LOC131017283

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=medium
产物TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G05270 (AT1G05270)
TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]
identity=44.1; qcov=0.796; evalue=3.11e-47; confidence=medium
RiceOs05g0499500
-
identity=38.5; qcov=0.816; evalue=3.1e-40; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017283

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057801991.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057801991.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057801991.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801991.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801991.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:7562408 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C59
Chr3:7562408 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 1 C59
Chr3:7562448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C22
Chr3:7562461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:7562490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C80
Chr3:7562509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C80
Chr3:7562549 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C80
Chr3:7562785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr3:7562804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B59,B94,C12,C37
Chr3:7562967 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 C55,D8
Chr3:7562967 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 C55,D8
Chr3:7563085 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946008.1
CAAAAGATGTACGGATTAAACCGTCTCAATTCGGCCAATCACATCTCCGCCGCTGCCGCCGTATATCCGAAACGGTTGCTCAGAACAAGTATCGGTCACTCCTCTCCCGCAGCGACAGCTGGAATTAGTGACACCCGCAATAGTTATGTGAGAAAAAGGGGGAAAAAGCTGAAGGAGCTCTCGAGGAGTGTGGTGATGCTCACTTGCGATTCATATGTAGACGGTGGTGTCTGTAATGTTTATTTGGTCGGATCCAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017283
ATGTACGGATTAAACCGTCTCAATTCGGCCAATCACATCTCCGCCGCTGCCGCCGTATATCCGAAACGGTTGCTCAGAACAAGTATCGGTCACTCCTCTCCCGCAGCGACAGCTGGAATTAGTGACACCCGCAATAGTTATGTGAGAAAAAGGGGGAAAAAGCTGAAGGAGCTCTCGAGGAGTGTGGTGATGCTCACTTGCGATTCATATGTAGACGGTGGTGTCTGTAATGTTTATTTGGTCGGATCCAATCACGCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801991.1
MYGLNRLNSANHISAAAAVYPKRLLRTSIGHSSPAATAGISDTRNSYVRKRGKKLKELSRSVVMLTCDSYVDGGVCNVYLVGSNHASPKSWEEVRATVRFLKPEVVFLEFCSNREHILRREKIKVPTIMEMVEMWKKNNKLSWILYRWYFAKRVSRFEVPDDGDFLAAYDEAKKYGAKVILGDRPQDITDRRYIAKTSIWQFLTVQIEGIPMNLPNDIVEKVIYGKYDAHAVHRYNQEMAKSDPA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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