Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000706`

染色体: Chr03 坐标: 7861763-7864719 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000706`
名称	SmilChr03G000706
描述	plastidal glycolate/glycerate translocator 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	7861763 - 7864719 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017331`
GeneID	`131017331`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017331`
原始查询	`LOC131017331`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	plastidal glycolate/glycerate translocator 1, chloroplastic
产物	plastidal glycolate/glycerate translocator 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G32080` (LrgB) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840100] identity=72.2; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0511600` - identity=75.2; qcov=0.834; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04172 (LrgB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017331

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057802037.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057802037.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802037.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802037.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802037.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:7862061`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,B86
`Chr3:7862092`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B48
`Chr3:7862094`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	78	A15,A18,A23,A25,A3,A4,A8,A9,B1,B100,B105,B107,B11,B112,B113,B114,B117,B12,B120,B122,B126,B129,B132,B133,B139,B18,B19,B22,B28,B3,B35,B36,B44,B47,B55,B56,B57,B62,B64,B66,B68,B69,B70,B73,B75,B79,B80,B83,B87,B90,B92,B95,B96,B98,C10,C13,C14,C21,C24,C25,C32,C41,C42,C47,C53,C54,C56,C59,C62,C68,C7,C70,C72,C8,C86,D1,D11,D7
`Chr3:7862164`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,C37
`Chr3:7862408`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr3:7862418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B39,B42,B43,B91
`Chr3:7863240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:7863246`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,B86
`Chr3:7863314`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B15
`Chr3:7863468`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B19,B35,D10
`Chr3:7863868`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,C24,C78,D7
`Chr3:7863950`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B33,B47,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802037.1

512 aa

256

512

LrgB

PF04172 LrgB 336-499 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802037.1`	Pfam	`PF04172`	LrgB	Family	336	499	5.7e-38	131.2	LrgB-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946054.1
AATCAGCAATCAATCAACAAGTCGTTAGTATTGAGCTGAGCAGAGCAGGTCCACACAAATTTCTCTCTTCATTCCTTCATCAATGTCACCTCTTCCACTCCCTCACTCCAACCTCCGCCTCCCACCATGCCTGCTACTTCCTCCATTTCCCCATTCTCCACTCTCTCCCTCCTTCTCCCCAATCGTCACCATTCTCTCTTCACTCCATGCCAAAAACCTACAAAATTCTCATCAAAATCGCTACTAGCTTCTTCCAGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017331
ATGCCTGCTACTTCCTCCATTTCCCCATTCTCCACTCTCTCCCTCCTTCTCCCCAATCGTCACCATTCTCTCTTCACTCCATGCCAAAAACCTACAAAATTCTCATCAAAATCGCTACTAGCTTCTTCCAGTTGCCGGAATGGCAGTAAGTCGCGATCAACCCTAATTCTGGGGGCAAAATTCCCGCTTGTTGATCCGAAGAAGAAAACTTTTGTGGTGAAATCCTCAGGATCGGAAGGCGGATTGACCTCGGCGAGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802037.1
MPATSSISPFSTLSLLLPNRHHSLFTPCQKPTKFSSKSLLASSSCRNGSKSRSTLILGAKFPLVDPKKKTFVVKSSGSEGGLTSASPNPQSAALKLLHLAVSLGIILAVDKLLKQAFVAAAIKFPSALFGMFCIFTILIALDSTVPAAAAGVVSFFQPALLFIQRWLPLFYVPSLVVLPLAVKDIPAASGLKIIYIIAGGWLASLSVAGFTAIAVRKLVNTEMIPAEPMLKPSPFSPFELWAWSGVFLVSFVSAFLYPTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器