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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000718

染色体: Chr03 坐标: 7974992-7975785 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000718
名称SmilChr03G000718
描述uncharacterized SmilChr03G000718
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向7974992 - 7975785 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017343
GeneID131017343
locus_tag-
NCBI NameLOC131017343
原始查询LOC131017343

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017343

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057802047.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057802047.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057802047.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057802047.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802047.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:7975244 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 96 A1,A14,A18,A25,A3,A4,A7,A8,B1,B10,B103,B104,B105,B110,B113,B115,B117,B123,B126,B128,B129,B130,B131,B133,B138,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B23,B25,B30,B32,B36,B40,B48,B49,B5,B53,B6,B63,B68,B74,B78,B79,B80,B83,B87,B9,B97,B98,C10,C11,C13,C14,C18,C21,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C35,C4,C40,C44,C45,C5,C50,C51,C55,C59,C6,C60,C62,C65,C66,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C83,C9,D1,D2,D5,D6,D8,D9
Chr3:7975250 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 96 A1,A14,A18,A25,A3,A4,A7,A8,B1,B10,B103,B104,B105,B110,B113,B115,B117,B123,B126,B128,B129,B130,B131,B133,B138,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B23,B25,B30,B32,B36,B40,B48,B49,B5,B53,B6,B63,B68,B74,B78,B79,B80,B83,B87,B9,B97,B98,C10,C11,C13,C14,C18,C21,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C35,C4,C40,C44,C45,C5,C50,C51,C55,C59,C6,C60,C62,C65,C66,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C83,C9,D1,D2,D5,D6,D8,D9
Chr3:7975462 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 A7,C87
Chr3:7975462 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 A7,C87
Chr3:7975494 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 43 A18,A20,A25,A4,A7,B103,B111,B12,B128,B129,B130,B140,B19,B26,B32,B36,B53,B55,B59,B62,B69,B76,B80,B98,C11,C12,C13,C25,C27,C28,C31,C51,C55,C57,C6,C60,C69,C71,C72,C86,C87,D5,D8
Chr3:7975495 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 11 A8,B1,B25,B30,B48,C27,C59,C62,C7,C83,D1
Chr3:7975498 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 26 A25,A4,A7,B103,B111,B12,B128,B129,B130,B140,B19,B32,B36,B53,B59,B98,C12,C13,C25,C31,C6,C71,C72,C87,D5,D8
Chr3:7975503 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 45 A10,A13,A8,A9,B1,B11,B118,B119,B124,B139,B14,B22,B24,B25,B26,B29,B30,B46,B48,B51,B55,B60,B62,B67,B69,B72,B76,B82,B85,B86,C17,C21,C23,C36,C39,C4,C40,C46,C59,C74,C83,C86,C87,D3,D8
Chr3:7975514 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 6 A18,C14,C27,C51,C60,D1
Chr3:7975520 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 30 A25,A4,A7,B103,B111,B12,B128,B129,B130,B140,B19,B22,B32,B36,B53,B59,B6,B9,B98,C12,C13,C25,C31,C6,C71,C72,C87,D5,D8,D9
Chr3:7975532 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A18,B80,C14,C27,C47,C51,C60,C69,D1
Chr3:7975536 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 10 A18,B80,C10,C14,C27,C47,C51,C60,C69,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946064.1
ATGTACCATTCGTTCAGTACATTCAAGATGGCGATCGCACTGTAGAGTGCGCCTCTAATGAGAATATCACTATAAATTTGGTCATTCTTGATTATCATATCGCACTAGGACATAATCACATAAAGTTTTCAAGATGTTGTCTTTGTTTTCTTTGATTTTTCTCAATGTTTTGGCCCTTGCTGTCATAATTATCATTGCTGTAGTGTATTCGTTTTCTTTGATTTTTCTCATTGTTTTGGCCCTTGCTGTCATAATTATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017343
ATGTTGTCTTTGTTTTCTTTGATTTTTCTCAATGTTTTGGCCCTTGCTGTCATAATTATCATTGCTGTAGTGTATTCGTTTTCTTTGATTTTTCTCATTGTTTTGGCCCTTGCTGTCATAATTATCGTTGCTGTAGTTTCTATGTTACTTCGTTGGCAAAAGACGGTTTCCTCCGGCGAAGATAATGGGGCGGTAGTGTCAGAGGAGTTTCTTAACGAGAGAAACTTGAAGTGCCCCGAAAAACCGAAGGAACCCGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802047.1
MLSLFSLIFLNVLALAVIIIIAVVYSFSLIFLIVLALAVIIIVAVVSMLLRWQKTVSSGEDNGAVVSEEFLNERNLKCPEKPKEPEKPKAPEKPSPPCAPPKAWFGDIDDEPTQMEYDTANLWRLRDRTSRPQG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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