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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001348

染色体: Chr01 坐标: 26751481-26755073 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001348
名称SmilChr01G001348
描述THO complex subunit 7A-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向26751481 - 26755073 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017368
GeneID131017368
locus_tag-
NCBI NameLOC131017368
原始查询LOC131017368

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述THO complex subunit 7A-like
产物THO complex subunit 7A-like
ArabidopsisAT5G16790 (THO7)
Tho complex subunit 7/Mft1p [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831542]
identity=69.5; qcov=0.983; evalue=4.59e-106; confidence=high
RiceOs08g0160000
-
identity=72.2; qcov=1; evalue=2.98e-118; confidence=high
GOGO:0000445 (THO complex part of transcription export complex); GO:0006397 (mRNA processing); GO:0006406 (mRNA export from nucleus)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF05615 (THOC7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017368

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802083.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057802083.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057802083.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057802083.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802083.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:26752497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B7
Chr1:26752710 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B48,B60,C82,D5
Chr1:26752790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B60
Chr1:26752948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:26753024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802083.1
240 aa
N
1
120
240
THOC7
C
PF05615 THOC7 26-163 aa
XP_057802090.1
240 aa
N
1
120
240
THOC7
C
PF05615 THOC7 26-163 aa
XP_057802095.1
240 aa
N
1
120
240
THOC7
C
PF05615 THOC7 26-163 aa
XP_057802099.1
240 aa
N
1
120
240
THOC7
C
PF05615 THOC7 26-163 aa
XP_057802109.1
240 aa
N
1
120
240
THOC7
C
PF05615 THOC7 26-163 aa
XP_057802116.1
240 aa
N
1
120
240
THOC7
C
PF05615 THOC7 26-163 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802083.1 Pfam PF05615 THOC7 Family 26 163 4.4e-33 115.2 Tho complex subunit 7
XP_057802090.1 Pfam PF05615 THOC7 Family 26 163 4.4e-33 115.2 Tho complex subunit 7
XP_057802095.1 Pfam PF05615 THOC7 Family 26 163 4.4e-33 115.2 Tho complex subunit 7
XP_057802099.1 Pfam PF05615 THOC7 Family 26 163 4.4e-33 115.2 Tho complex subunit 7
XP_057802109.1 Pfam PF05615 THOC7 Family 26 163 4.4e-33 115.2 Tho complex subunit 7
XP_057802116.1 Pfam PF05615 THOC7 Family 26 163 4.4e-33 115.2 Tho complex subunit 7

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946100.1
TGACCGCACCGAGACCAACTCCTCAAAATATTCGACTTTAAAGTTTAAACATTGCCAAATTTTACTTAATTCCTACCAATTTGGGTGTATTTTTTGTTGTGAATTTGGGGCCAACTTTTTCTTCGTCAGCCCAATTTTTGAGGCCATTTCTCGCACTTCCATCTCAAATTAGGTTCCGGCTCGCCACCACCACTCCGCCACGGCCACCACCGCCACCCCCCGATCGTCGGCCAACGGCTGCTTCATACAATCATCATATT...
XM_057946107.1
ATTTTACTTAATTCCTACCAATTTGGGTGTATTTTTTGTTGTGAATTTGGGGCCAACTTTTTCTTCGTCAGCCCAATTTTTGAGGCCATTTCTCGCACTTCCATCTCAAATTAGGTTCCGGCTCGCCACCACCACTCCGCCACGGCCACCACCGCCACCCCCCGATCGTCGGCCAACGGCTGCTTCATACAATCATCATATTTTCAAGCAACGAATAGGAATTCACTAATATACCTAAGCCTCTTCTGCCACGGCCCACG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131017368
ATGTTGAAAGGGAGGAAAACCGCTGGCAGGGGAGAGACTGTGGCCACGCACTATGCTTTTGGCCCCCTTGAGGATGACATTATAATCAAGCATAGGCTTCTGACCCGCACGACTACAACAAGAGGCGAACCACCCTTGAAGAAACTTCAGAAGAAGTTTACAGCCTTCGCTGTGGAGGTAGAAAAAGACGCTGATAACTATGGTGACTGTGAAAGACTTGCCAAAGCTTTCTTGCAGGAGCTGAACACTTTCGAAATTCC...
LOC131017368
ATGTTGAAAGGGAGGAAAACCGCTGGCAGGGGAGAGACTGTGGCCACGCACTATGCTTTTGGCCCCCTTGAGGATGACATTATAATCAAGCATAGGCTTCTGACCCGCACGACTACAACAAGAGGCGAACCACCCTTGAAGAAACTTCAGAAGAAGTTTACAGCCTTCGCTGTGGAGGTAGAAAAAGACGCTGATAACTATGGTGACTGTGAAAGACTTGCCAAAGCTTTCTTGCAGGAGCTGAACACTTTCGAAATTCC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057802083.1
MLKGRKTAGRGETVATHYAFGPLEDDIIIKHRLLTRTTTTRGEPPLKKLQKKFTAFAVEVEKDADNYGDCERLAKAFLQELNTFEIPLLKSKAIIDANVREKENFNELKDEINRQILLAHDDIEDLKKQLEESKIERQHKEECEAIRKLIAMQPPRSATQKTITELEQEIASLESENTAGSRTLELRKKQFSLLLHVVDELQNTIEEEQRSLMEEMRTAIDEPRTGLDDATGGPEAMALD
XP_057802090.1
MLKGRKTAGRGETVATHYAFGPLEDDIIIKHRLLTRTTTTRGEPPLKKLQKKFTAFAVEVEKDADNYGDCERLAKAFLQELNTFEIPLLKSKAIIDANVREKENFNELKDEINRQILLAHDDIEDLKKQLEESKIERQHKEECEAIRKLIAMQPPRSATQKTITELEQEIASLESENTAGSRTLELRKKQFSLLLHVVDELQNTIEEEQRSLMEEMRTAIDEPRTGLDDATGGPEAMALD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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