Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000789`

染色体: Chr03 坐标: 8992586-8998102 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000789`
名称	SmilChr03G000789
描述	probable disease resistance protein At1g58602
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	8992586 - 8998102 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017403`
GeneID	`131017403`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017403`
原始查询	`LOC131017403`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable disease resistance protein At1g58602
产物	probable disease resistance protein At1g58602
Arabidopsis	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=29.5; qcov=0.976; evalue=2.39e-69; confidence=low
Rice	`Os08g0193700` - identity=26.9; qcov=0.918; evalue=5.89e-54; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017403

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057802131.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057802131.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802131.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802131.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802131.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:8992883`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	A5,B14,B56,C59
`Chr3:8992883`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A5,B14,B56,C59
`Chr3:8992887`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A5,B14,B56,C59
`Chr3:8992887`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A5,B14,B56,C59
`Chr3:8992888`	`TAA`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A5,B14,B56,C59
`Chr3:8992896`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B23,C39
`Chr3:8992905`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A5,B101,B12,B130,B14,B56,C12,C18,C59,C7
`Chr3:8992910`	`TTG`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B3,C56
`Chr3:8992912`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	A5,B100,B101,B12,B130,B14,B56,C12,C18,C59,C7
`Chr3:8992922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C30
`Chr3:8992923`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,C2,C27,C7
`Chr3:8992947`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	A22,B122,B3,C73,C77,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802131.1

827 aa

414

827

NB-ARC

LRR_14

LRR_8

PF00931 NB-ARC 142-297 aa PF23598 LRR_14 507-778 aa PF13855 LRR_8 536-588 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802131.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	142	297	8.2e-27	94.6	NB-ARC domain
`XP_057802131.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	507	778	1.9e-32	113.1	Leucine-rich repeat region
`XP_057802131.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	536	588	1.7e-07	31.6	Leucine rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946148.1
TTTTCTCTCAGTTTTTAGTATGTTTAACAGACCTTCATGTGCCTATATAATAAGTCAACTCTTCAGGTGGCTCGATATAAGCTGGTGATCTTATTATCTTATTAATATGCACATAATTATTTGGCTTCTTCAACCGGACTTTCAGTAGATATAATTATTCACAACTTTCTAACATTCAAAATCCCTAGTTCTACACAAACGAAATTCACTATTCAGACCCCCAAATCTAATCACAGTAAACACCGCCGGATTTCGCCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017403
ATGTCGGAGGCCCTCCTCTTATCAGTGATACAGAAGCTGGACATTAATTATCGAGAGCACAAGGCAACAAATGAGCAAATGGAAAGGGTAATTACGGAGATGATAGAGATTCTAGATATGGTGAGGGATAAGAAATTAGAAGACGGGAGAAGCCTAAATTTTTTTGTAAGTGACCTCGTCGACGTGGCTGACGATGGCCTCGAACTTTGCAAACGACACGAACTCCATCATTTCCACTATGATTCCATCCATAGTTGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802131.1
MSEALLLSVIQKLDINYREHKATNEQMERVITEMIEILDMVRDKKLEDGRSLNFFVSDLVDVADDGLELCKRHELHHFHYDSIHSWIGEIKERMLKLGDNGAEMESNMRSSKNVDDEDVVGLEEDVEMLLRTRIIGGTGYRKTVLIKGMCGTGKTTLAREIYNHPTVIERFKRRAWVSNSPDFTLKELLIKLIQQVVPQNLHTSSLLKNMDNRRLRDMLCQHLQGTRYFIVLDDLPKQTHLVSFLKALPRGWNGSRLLLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器