Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000823`

染色体: Chr03 坐标: 9424805-9425968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000823`
名称	SmilChr03G000823
描述	replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	9424805 - 9425968 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017426`
GeneID	`131017426`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017426`
原始查询	`LOC131017426`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
产物	replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os03g0214100` (OsRPA1) - identity=30.4; qcov=0.964; evalue=5.62e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017426

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802157.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057802157.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057802157.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802157.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802157.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:9425077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B23
`Chr3:9425233`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	126	A10,A15,A16,A18,A21,A23,A4,A9,B101,B103,B105,B107,B109,B11,B113,B117,B119,B122,B127,B131,B134,B138,B139,B15,B16,B20,B21,B22,B24,B26,B28,B29,B3,B34,B36,B37,B38,B39,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B5,B51,B52,B54,B55,B62,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B76,B78,B80,B83,B85,B88,B9,B90,B92,B93,B94,B98,B99,C1,C11,C15,C18,C19,C20,C21,C24,C26,C27,C3,C31,C32,C34,C35,C37,C39,C4,C40,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C51,C53,C56,C6,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C72,C77,C78,C79,C81,C82,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D5,D6,D8
`Chr3:9425242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A10,A16,A3,B117,B19,B48,B64,B84,C41,C80,C84,D2
`Chr3:9425404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:9425405`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B85,D11
`Chr3:9425412`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	57	A15,A18,A2,A20,A22,A4,A5,A9,B107,B108,B117,B134,B137,B139,B16,B20,B22,B23,B26,B28,B30,B32,B33,B42,B54,B59,B6,B62,B65,B66,B75,B80,B82,B83,B89,B9,B93,C15,C24,C26,C31,C32,C39,C4,C42,C47,C48,C59,C68,C71,C76,C77,C81,C82,C83,D10,D9
`Chr3:9425419`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B8,C42,C60
`Chr3:9425419`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B8,C42,C60
`Chr3:9425427`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B110,B65
`Chr3:9425427`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B110,B65
`Chr3:9425457`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A7,B104,B14,B31,C34,C79,D8
`Chr3:9425458`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	27	A14,A15,B107,B113,B114,B119,B129,B134,B136,B41,B47,B58,B74,B88,B97,C16,C23,C24,C33,C39,C4,C43,C46,C52,C74,C86,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946174.1
CCAAAAATTTGAGGTGAATAGTTAATCTCTAATGGAGAGGTTAGACAGGTTGATCGGCGATATCCTAGCATACATCCTAAAAAAGAATTGATTCTCAAAAAGTACACCGTTGTGACCGAAACATTTGATAGTATTGATATGAAGATACAATACAATTTTGTTGAGTTCAAAGATATAGAATCAAAGTTTGACAAAAAAGAAGAATTCGGTAAGAGAGAAGATGTCTTTGGAACTTTGGTACGAGTTGAAAATAGTAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017426
ATGAAGATACAATACAATTTTGTTGAGTTCAAAGATATAGAATCAAAGTTTGACAAAAAAGAAGAATTCGGTAAGAGAGAAGATGTCTTTGGAACTTTGGTACGAGTTGAAAATAGTAAAATGGTACCAACGAAAACCACATCGGGTGCACATTCAAAAACAATGAGAGACATAACTATCGTAAACAAAGAGAATCAATTTATGGAAATTAGTCTTTGGGAAGATATGGCCATAAATGAAGGAGATAAGCTACAAAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802157.1
MKIQYNFVEFKDIESKFDKKEEFGKREDVFGTLVRVENSKMVPTKTTSGAHSKTMRDITIVNKENQFMEISLWEDMAINEGDKLQKVLEQNPIIVITNVTAKKFLGALQLQSTVRSVLKLHQNVQRLNIWSKDPMKLMIH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器