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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000164

染色体: Chr01 坐标: 2731152-2731907 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000164
名称SmilChr01G000164
描述uncharacterized SmilChr01G000164
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向2731152 - 2731907 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017442
GeneID131017442
locus_tag-
NCBI NameLOC131017442
原始查询LOC131017442

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017442

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057802431.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802431.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057802431.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057802431.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802431.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:2731181 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B20
Chr1:2731181 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B20
Chr1:2731182 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 43 A19,A20,B11,B113,B114,B117,B12,B138,B14,B17,B21,B22,B26,B29,B45,B51,B55,B59,B64,B73,B76,B79,B8,B84,B86,B9,B90,B94,C29,C31,C32,C55,C57,C58,C59,C7,C70,C8,C9,D1,D2,D3,D9
Chr1:2731196 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B64
Chr1:2731196 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B64
Chr1:2731198 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B64
Chr1:2731198 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B64
Chr1:2731386 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 7 A22,A6,B23,B46,B52,B55,B65
Chr1:2731390 CGA C 2bp_deletion frameshift_variant 7 A22,A6,B23,B46,B52,B55,B65
Chr1:2731400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B91
Chr1:2731406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C11
Chr1:2731409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,C13,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946448.1
ATGTGGCTGCCGGAATTGCCAAATCACACATACACACACTTCTCTCTCTCTCTCACAGACACACATGTACACACACAAACACAGCCACTCCCCCTTCGTCACCGTACACACACAAACACAGCCACTCCCCCTTCGTCACCAGCGGCGCCACCACCTCAATCATCCTTGCAGTCTCCGCATCCATCCCATAACCAAGGGACTCGTCATCCCACGGCGAGGCTGGCCAGATTGATCTCGTCGATTCGGGCCGCCGCCTTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017442
ATGTGGCTGCCGGAATTGCCAAATCACACATACACACACTTCTCTCTCTCTCTCACAGACACACATGTACACACACAAACACAGCCACTCCCCCTTCGTCACCGTACACACACAAACACAGCCACTCCCCCTTCGTCACCAGCGGCGCCACCACCTCAATCATCCTTGCAGTCTCCGCATCCATCCCATAACCAAGGGACTCGTCATCCCACGGCGAGGCTGGCCAGATTGATCTCGTCGATTCGGGCCGCCGCCTTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802431.1
MWLPELPNHTYTHFSLSLTDTHVHTQTQPLPLRHRTHTNTATPPSSPAAPPPQSSLQSPHPSHNQGTRHPTARLARLISSIRAAAFPHQQSPLSAVLPDQQTLPLRRPPPPTKPSLRRPPPPPAGPPPFAVLLHQQSPASAALPQPPAGPPPFAALLHQQSPASAALPHHQQALPPFAALLHQQSPASAALPHHQQALPPSPPSSTNRARPPVSLPRPKPPISLPRPKPPISSKIRPKTTNFTMLNYRSAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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