Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000859`

染色体: Chr03 坐标: 9813814-9819437 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000859`
名称	SmilChr03G000859
描述	protein LUTEIN DEFICIENT 5, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	9813814 - 9819437 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017455`
GeneID	`131017455`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017455`
原始查询	`LOC131017455`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein LUTEIN DEFICIENT 5, chloroplastic
产物	protein LUTEIN DEFICIENT 5%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G31800` (CYP97A3) cytochrome P450, family 97, subfamily A, polypeptide 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840067] identity=78.2; qcov=0.915; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0817900` (CYP97A4) - identity=75; qcov=0.895; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005506 (iron ion binding); GO:0009507 (chloroplast); GO:0010291 (beta-carotene 3-hydroxylase activity); GO:0016123 (xanthophyll biosynthetic process); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	smil00906 (Carotenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017455

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057802194.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057802194.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.20000	`XP_057802194.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802194.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802194.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:9814076`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19
`Chr3:9814094`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr3:9814183`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B94
`Chr3:9814183`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B94
`Chr3:9814550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr3:9814562`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr3:9814572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B23,B69,B71,D4
`Chr3:9814761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr3:9815165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr3:9816960`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B121,B130,B50,C29
`Chr3:9816984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B33
`Chr3:9817107`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B1,B126,B68,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802194.1

612 aa

306

612

p450

PF00067 p450 139-562 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802194.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	139	562	1.4e-87	295.1	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946211.1
AGATTCCTCCGTTTGTTCGTTAGCAGTTGGGTGGCCTAATATTACTAACGCCACCCCGATATTGATATCGACAGATCATCGTGCTATTTTCTAAGTAGTACATAACGCATCGCGTATTGTACAGTCTGCCTGGCATTAGAGAATCTTTCTCAGCAGTTGTGGCAGACTGCCGACTTACAGTTAACTTATCGTCTTCGTCTCTCCTATCGCCTTTCTCTCTCTAAAACAACAATGTCTGCGAGTCTATCCTTCCATCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017455
ATGTCTGCGAGTCTATCCTTCCATCAATTCTCGCCGCATACGTTTCAGACGAGAGACTGGAGGAGGAGATTCAACCCAGCTGTTAATTTGAAGTTCAATGGGAATTCTATGGTTAGCTGCTCGTTGTCGGGTAATGGGAGAGGAGGAGGGCCCGGAGATGATGCGGTGAAAGATGTGGAGAGGCTTTTGGAAGAGAAGCGGCGGGCGGAGCTCTCGGCGCGAATAGCATCCGGCGAATTTACAGTTGAGAAGCCAAGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802194.1
MSASLSFHQFSPHTFQTRDWRRRFNPAVNLKFNGNSMVSCSLSGNGRGGGPGDDAVKDVERLLEEKRRAELSARIASGEFTVEKPSFQSKLKDGLSKLGLPKEIVEFIVNVIGGSGDLKIPEARGSIAAIRDEPFFIPLYELYLTYGGIFRLTFGPKSFLIVSDPSIAKHILKDNPKSYSKGILAEILDFVMGKGLIPADGEIWRVRRRAIVPALHQKFVAAMFSLFGDATDRLCKKLDTAASDGEDVEMESLFSRLTLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器