Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000875`

染色体: Chr03 坐标: 9939969-9943944 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000875`
名称	SmilChr03G000875
描述	uncharacterized SmilChr03G000875
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	9939969 - 9943944 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017466`
GeneID	`131017466`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017466`
原始查询	`LOC131017466`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chitinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837375]; symbol=AT1G08530; hit=AT1G08530; species=arabidopsis; confidence=high
产物	chitinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837375]; symbol=AT1G08530; hit=AT1G08530; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G08530` (AT1G08530) chitinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837375] identity=69.4; qcov=0.662; evalue=3.81e-81; confidence=high
Rice	`Os12g0430900` - identity=73; qcov=0.327; evalue=5.7e-35; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017466

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057802203.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057802203.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057802203.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.40000	`XP_057802203.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802203.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:9940332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,B21
`Chr3:9940388`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B57,C49
`Chr3:9940444`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C29,C74
`Chr3:9940469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B26,B46,B6,B69,C50
`Chr3:9940487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B64,C60,D10
`Chr3:9940494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B33,B74,C14
`Chr3:9940522`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B11,B64,C60
`Chr3:9942347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr3:9943156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:9943362`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr3:9943489`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B25,C41,C81,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946220.1
GATTTTTTGTGAATAGAGAAAATCTAAAACGGGTTGTGAAAATTGAGAAGACAAGAGCCCAAAACAAGAGGGAAAAAAAGAGACAACTTTTCCCGCAACAAAGCATTGTACCCTCCGCTACAAAATTAGTTCTTTTTCCAGCTCATTCCACTATTCCGTCTGTGTTTCCAAAGCCACCTGCCCGCCGCCCGCCGCCCACCGCCGGCCATGAGACTCTCCGGTGGCTCATTCACTGCCGCTGCTCCTCAAATTCTTCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017466
ATGAGACTCTCCGGTGGCTCATTCACTGCCGCTGCTCCTCAAATTCTTCTTCCAAAGGCGTCTGCATTTTCGATTTCGGACGGCGTTTTCAGCCTCACGGCGAGGCTTAAACCGCCGAGGCGGCGGCGGTTCTGTCTCAGAGTCTCGTGCACATCGGAAAAATCGGGTGCCAATGCGGCGTCGTCACAATATGCTTCTCAATTCGGAGATTTGGCGCCGGAGGCGCAGCGCGGAATTGAATCGTTGAGTTTTGAAGTGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802203.1
MRLSGGSFTAAAPQILLPKASAFSISDGVFSLTARLKPPRRRRFCLRVSCTSEKSGANAASSQYASQFGDLAPEAQRGIESLSFEVRSPSSPPSLIPRPTLSLSDQAFLLLAFIGCTTSVAFSCLVAAAVPTLFAMRRAAISLSKLADTAREELPSTMAAVRLSGMEISDLTLELSDLSQEIADGVNKSAQAVQAAEAGVRQIGSLARQQTMAMIQERASLPIISLQPMVAGAAKKTSRAVGQAAKTFLNIISPGEHNSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器