当前解析结果
SmilChr01G001360| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001360 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001360 |
| 描述 | cysteine proteinase inhibitor A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 26931747 - 26932797 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131017494 |
|---|---|
| GeneID | 131017494 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017494 |
| 原始查询 | LOC131017494 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cysteine proteinase inhibitor A-like |
| 产物 | cysteine proteinase inhibitor A-like |
| Arabidopsis | AT2G40880 (CYSA)cystatin A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818685] identity=60.5; qcov=0.905; evalue=4.48e-36; confidence=medium |
| Rice | Os01g0270100- identity=62.6; qcov=0.958; evalue=7.73e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0004869 (cysteine-type endopeptidase inhibitor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00031 (Cystatin); PF16845 (SQAPI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017494 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057802232.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057802232.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057802232.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802232.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802232.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:26931957 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B22,B27 |
Chr1:26932521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B40,B50,B65 |
Chr1:26932554 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr1:26932577 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B40,B50,B65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802232.1PF00031
Cystatin 12-92 aa
PF16845
SQAPI 17-92 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802232.1 |
Pfam | PF00031 |
Cystatin | Domain | 12 | 92 | 7.9e-22 | 78.1 | Cystatin domain |
XP_057802232.1 |
Pfam | PF16845 |
SQAPI | Domain | 17 | 92 | 5.3e-21 | 75.5 | Aspartic acid proteinase inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。