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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000899

染色体: Chr03 坐标: 10272197-10276604 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000899
名称SmilChr03G000899
描述disease susceptibility protein LOV1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向10272197 - 10276604 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017514
GeneID131017514
locus_tag-
NCBI NameLOC131017514
原始查询LOC131017514

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease susceptibility protein LOV1-like
产物disease susceptibility protein LOV1-like
ArabidopsisAT1G53350 (AT1G53350)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771]
identity=30.8; qcov=1.04; evalue=5.66e-97; confidence=low
RiceOs01g0547000
-
identity=28.7; qcov=1.04; evalue=1.09e-85; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017514

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802252.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802252.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802252.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802252.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802252.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:10272670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr3:10272687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:10272690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:10272713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:10272748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr3:10272835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B108,C23,C65
Chr3:10272840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B117,B21,B29,C35
Chr3:10272872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C10,C74
Chr3:10272902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B34,B68,C80,D2
Chr3:10272919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr3:10272959 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B34,B68,C80,D2
Chr3:10272965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B57,B7,C34,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802252.1
864 aa
N
1
432
864
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 6-90 aa PF00931 NB-ARC 169-336 aa PF23559 WHD_DRP 425-495 aa PF23598 LRR_14 545-845 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802252.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 6 90 2.7e-24 85.8 Rx N-terminal domain
XP_057802252.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 169 336 6.2e-36 124.3 NB-ARC domain
XP_057802252.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 425 495 3.7e-17 62.8 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057802252.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 545 845 1.5e-23 83.9 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946269.1
GAACATATTTTAAAATTGAGGTGTAAAATCGAAAAATGGAAAAATGTCGAGTATTTACATGCCAATACCCTATTCAAATTTGATAAAACTTCGATAGCTTAGCAAACTAACCCTTGAAAAAATGGTTACCTACTATTACAACTACTCCTAGTCGGTCACATTGAAAGTTTTGAAATTTTGGGACCATGTTGGTGGGACCTATACTACGCTACCCTCACCATCTGGACTACTCCAAAGCCACACAATATCACCATTAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017514
ATGGCGGCGGAGGCGGCGATCTCATCTACGGTGGAGCTGCTGGGCGATCAGCTCATCCACAAGGTGAAATTCCTGCGCGGCGTTCGCGGGCAAGTCCAGCTGCTGAAGGAGGAGCTGAAGAGGATGCAATCCTTTCTCAAAGACGCCAACAAGAAGCAAGCGGAAGACGAGAGCGTGCGTAGCTGGATATCAGAGATCAGAGATGTGGCTCACGACGCCGAAGATACGATCGAGATGTTCCTCGTCAACGTCGAGCACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802252.1
MAAEAAISSTVELLGDQLIHKVKFLRGVRGQVQLLKEELKRMQSFLKDANKKQAEDESVRSWISEIRDVAHDAEDTIEMFLVNVEHARNRGLLKRCISFAKRMRHLDRIGGEIESIRARLAAVDESRERCGIRSLEEAADSTQFSLRQKDEYLVGVDEDVRKLLRESVLDEEKRGLSVVVIDGAGGIGKSTLAREIYKHRDVGDGRFECRGWVVVSSGCTREETMKRLILELPGSDKQKLREVVETAEDEAYIQRKLREM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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