Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000930

染色体: Chr03 坐标: 10620521-10654750 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000930
名称SmilChr03G000930
描述disease resistance RPP8-like protein 3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向10620521 - 10654750 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017521
GeneID131017521
locus_tag-
NCBI NameLOC131017521
原始查询LOC131017521

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease resistance RPP8-like protein 3
产物disease resistance RPP8-like protein 3
ArabidopsisAT5G35450 (AT5G35450)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508]
identity=25.9; qcov=1.07; evalue=1.09e-52; confidence=low
RiceOs01g0547000
-
identity=25.9; qcov=0.893; evalue=9.08e-54; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF13401 (AAA_22); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017521

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802276.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057802275.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057802275.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802275.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802275.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:10651926 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 65 A14,A18,A2,A21,A4,B1,B100,B102,B103,B105,B106,B112,B115,B119,B120,B126,B127,B128,B13,B133,B136,B137,B138,B139,B18,B2,B20,B22,B23,B36,B37,B45,B5,B61,B63,B66,B67,B68,B69,B78,B82,B87,B88,B93,B95,C13,C32,C33,C38,C39,C44,C50,C53,C54,C55,C63,C68,C7,C70,C71,C73,C80,C9,D1,D8
Chr3:10651970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C44
Chr3:10652047 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 5 B129,B27,B79,B94,C28
Chr3:10652047 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 5 B129,B27,B79,B94,C28
Chr3:10652054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B82,C32,C71,D1
Chr3:10652067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B82,D1
Chr3:10652085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr3:10652093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C60
Chr3:10652117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B121,B124,B79
Chr3:10652138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C31
Chr3:10652156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B108,C23,C65
Chr3:10652163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802275.1
837 aa
N
1
418
837
AAA_22
NB-ARC
LRR_14
C
PF13401 AAA_22 156-262 aa PF00931 NB-ARC 156-309 aa PF23598 LRR_14 521-791 aa
XP_057802276.1
822 aa
N
1
411
822
AAA_22
NB-ARC
LRR_14
C
PF13401 AAA_22 141-247 aa PF00931 NB-ARC 141-294 aa PF23598 LRR_14 506-776 aa
XP_057802277.1
822 aa
N
1
411
822
AAA_22
NB-ARC
LRR_14
C
PF13401 AAA_22 141-247 aa PF00931 NB-ARC 141-294 aa PF23598 LRR_14 506-776 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802275.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 156 262 5.3e-07 30.7 AAA domain
XP_057802275.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 156 309 1.3e-27 97.2 NB-ARC domain
XP_057802275.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 521 791 1.4e-27 97.1 Leucine-rich repeat region
XP_057802276.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 141 247 5.2e-07 30.7 AAA domain
XP_057802276.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 141 294 5.1e-28 98.5 NB-ARC domain
XP_057802276.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 506 776 3.3e-27 95.9 Leucine-rich repeat region
XP_057802277.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 141 247 5.2e-07 30.7 AAA domain
XP_057802277.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 141 294 5.1e-28 98.5 NB-ARC domain
XP_057802277.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 506 776 3.3e-27 95.9 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099644.1
CGGGATAAGCTCGTGAGTCGTGATACTATTATTTTATTAGTGATTGTTAAATATGCACCTTATTTGGCTTCTTCAACTGGACATTCAGTATAATTATTATTCACAACTTTCAACTAACATTTTAAATCCCCAATTTCGAAAAAAAAAATGAAATTCACTATTTAGAGCTCCAAATCTAATCACAGTAAATACCGCCGGATTCCGCCGCGCCGTTCGCCGACCGTTTCTCGCTCGGAGCCACCACCTCCTTCCGTCGGCAG...
XM_057946294.1
AGTATAATTATTCACAGATTTCAACTAACATTTTAAATCCCCAATTTCAAAAAGAAAAAACACGAAATTCACTATTTAGAGCTCCAAATCTAATCACAGTAAATACCGCCGGATTCCGCCGCGCCGTTCGCCGACCGTTTCTCGCTCGGAGCCACCACCTCCTTCCGACGGCAGCAGCTAAGTTTCCATTGTAAATATCAAAAAGCGAAAGCAAATTAATTTGCTAAGGAAAAGGGTGTATTGATTCGGAAAGTAGATCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131017521
ATGTTGTTAAATTACCCATTACGGCAGTTTCGTCCAAGCAGAAGCATGTCCGAGGCCCTCCTCTTTTCGGTGATACAGAAGCTGGACATCACTTATCGAGAGGAAAGGGAAACAGATGAGCATATGGAAAGGGTAATTAAAGAGATGAGAGAGATTCTCAATATTGTGAGTGATAAGAAATTGGAAGATGGGAGAAGACTAAATTTTTTAGTATCCGACCTTGTCGACGTGGCTGACGATGCCCTCGACCTTTTCACAAA...
LOC131017521
ATGTCCGAGGCCCTCCTCTTTTCGGTGATACAGAAGCTGGACATCACTTATCGAGAGGAAAGGGAAACAGATGAGCATATGGAAAGGGTAATTAAAGAGATGAGAGAGATTCTCAATATTGTGAGTGATAAGAAATTGGAAGATGGGAGAAGACTAAATTTTTTAGTATCCGACCTTGTCGACGTGGCTGACGATGCCCTCGACCTTTTCACAAAACCTGGTGACTTTTCTGCGTTCTATGAGTCTATCCATAGTTGGAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057802275.1
MLLNYPLRQFRPSRSMSEALLFSVIQKLDITYREERETDEHMERVIKEMREILNIVSDKKLEDGRRLNFLVSDLVDVADDALDLFTKPGDFSAFYESIHSWMGEIKKQMLKLGDDESNMTSSENVEDDVDVVGLDKDVEMLLRTNIIGGFGYWKPVLIKGMPGVGKTTLAKEIYNHATVVERFDRRAWVCLSTNVTLKELLIRLIQQVEDPQNLHTSSLLENMDNRSLRDMLTQHLQGTRYLIVLDDLPRQMRLSFLEAL...
XP_057802276.1
MSEALLFSVIQKLDITYREERETDEHMERVIKEMREILNIVSDKKLEDGRRLNFLVSDLVDVADDALDLFTKPGDFSAFYESIHSWMGEIKKQMLKLGDDESNMTSSENVEDDVDVVGLDKDVEMLLRTNIIGGFGYWKPVLIKGMPGVGKTTLAKEIYNHATVVERFDRRAWVCLSTNVTLKELLIRLIQQVEDPQNLHTSSLLENMDNRSLRDMLTQHLQGTRYLIVLDDLPRQMRLSFLEALPEEFNGSRLLFTSHT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器