Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001363`

染色体: Chr01 坐标: 26990646-26992428 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001363`
名称	SmilChr01G001363
描述	F-box/kelch-repeat protein At5g26960
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	26990646 - 26992428 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017524`
GeneID	`131017524`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017524`
原始查询	`LOC131017524`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/kelch-repeat protein At5g26960
产物	F-box/kelch-repeat protein At5g26960
Arabidopsis	`AT5G26960` (AT5G26960) Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832754] identity=60; qcov=1.01; evalue=1.13e-166; confidence=high
Rice	`Os12g0135200` (OsFbox641) - identity=45.8; qcov=1.02; evalue=1.57e-91; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF01344 (Kelch_1); PF07646 (Kelch_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017524

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802287.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802287.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802287.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802287.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057802287.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:26990940`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,D10
`Chr1:26990985`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr1:26991001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B13,B71,C31
`Chr1:26991006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B13,B71,C31
`Chr1:26991007`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,C40
`Chr1:26991024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr1:26991040`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:26991044`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B85
`Chr1:26991044`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B85
`Chr1:26991114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C8,D3
`Chr1:26991129`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B44,B90,B92,D6
`Chr1:26991144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802287.1

412 aa

206

412

F-box

Kelch_1

Kelch_2

PF00646 F-box 47-87 aa PF01344 Kelch_1 181-221 aa PF07646 Kelch_2 185-220 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802287.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	47	87	3.6e-08	33.7	F-box domain
`XP_057802287.1`	Pfam	`PF01344`	Kelch_1	Repeat	181	221	2.6e-14	53.1	Kelch motif
`XP_057802287.1`	Pfam	`PF07646`	Kelch_2	Repeat	185	220	2.1e-10	40.7	Kelch motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946304.1
CCAAATAAAATTTGATTTTGACATAAAATAATCCAGATTACATTAAATGAGAAAATCTATAGATGTATAGCATAATTAGTTAACTGCCATTGCTTTTCTCATTCGTGTAAAACTAAATGGCAGAAACCATCATATTCATATAGTAGCATAATCATTGAACTTGACAGCATCCCTCCCTGTGAGTGAGATCTATTAATTACAAGTCTCCACCGCGGCCGCCGCCGCTGCATCGATGTCAGCAACATCGAGCTCTGATTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017524
ATGTCAGCAACATCGAGCTCTGATTCGTGCACCTCTCGACACTTTTCATGGCTGATGAAATCCTGCTTTCCCAATCCTCAGCAGCCCCACCACCCCTCCGCCCTTTCGACCACTAGTATCGGCGCCGCCGACACCACCATTTCGTGCCTCCCCGACGATCTTGTGCTGGAATGTCTCTCCAGAGTCCCTCACTCCACCCTCCCCTATCTCCCTTCTGTTTGTCGCCGCTGGGCCTACCTCCTCAACTCCCCCGCTTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802287.1
MSATSSSDSCTSRHFSWLMKSCFPNPQQPHHPSALSTTSIGAADTTISCLPDDLVLECLSRVPHSTLPYLPSVCRRWAYLLNSPAFHLLRLRHHTLFHTLFSISISNSALFAAALRFPDPSWKLSSFVPSKENGSGAAFSLFSHFRLVSIGRKIYIIDRTAMLRCDTWTGTLVPKAGMTFPRKKFAAAAVDGKILVAGGCARSSVVEEYDPDENAWRVLSEAPRRRYGCIGASADGVFYVIGGLKIGHEVSARGAPEAAH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器