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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001366

染色体: Chr01 坐标: 27025129-27027803 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001366
名称SmilChr01G001366
描述uncharacterized SmilChr01G001366
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向27025129 - 27027803 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017542
GeneID131017542
locus_tag-
NCBI NameLOC131017542
原始查询LOC131017542

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802319.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057802319.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802319.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802319.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057802319.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:27026845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B73
Chr1:27026862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B63,B72
Chr1:27026889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B63
Chr1:27026909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:27026910 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 D3
Chr1:27026910 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 D3
Chr1:27027133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B93,C74
Chr1:27027152 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 10 A11,A18,B122,B131,B62,B71,C18,C29,C60,C61
Chr1:27027175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C4
Chr1:27027185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:27027197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:27027380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946336.1
CAAATCAAGGTTTCCTCGATGAAGAATGCGAGCAAATTTTTTATCTGTCCAGATATAAAAGAAGTGAAAGATTTTATACTAAGGCGTGGTGTTAGTAGATCTTCTAGCTGTAATGATACCATTACCGATATATCTATCGGTCAACAAGCACTGAATAGGAATGAATGGTTGGATGCTGCTCATGCAAGAAGGTTATGCGACTTGATAAAATCAGAAGAGTGTAGAACATTTAACTGCAAAGGGACAATATTGGACTTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017542
ATGAAGGTACTTGTAGGTGATGAAATTGATCAGACGTATTTCACGATTTTTGAGGATTGTGCCCTAAATCTTTTGAAAAGGACTGCTACCCAAGTCATGGAGGAAATGGTGCAACAGACCGGTGATAGGAATGGAACACCTGAAATATTGTCCACCATGCTAGCGAGAGAGTGCCTCTTTAAAGTTGAGGTTGGTTTAAGATTCGGTGAACGTGTCTATACGGTGAAAAATGTAACAGGAGATGCTCGTGTCATTGCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802319.1
MKVLVGDEIDQTYFTIFEDCALNLLKRTATQVMEEMVQQTGDRNGTPEILSTMLARECLFKVEVGLRFGERVYTVKNVTGDARVIAQFPSGVNVGLQEVASKYKDGSNIIEDKPEEEIAVEMNEETCSNSTTTSVTPKKRNRLKLSPTDIDGGNIQFSATKRPKKSNVN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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