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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000958

染色体: Chr03 坐标: 10828795-10831314 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000958
名称SmilChr03G000958
描述UDP-glycosyltransferase 86A1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向10828795 - 10831314 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017551
GeneID131017551
locus_tag-
NCBI NameLOC131017551
原始查询LOC131017551

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 86A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 86A1-like
ArabidopsisAT2G36970 (AT2G36970)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818271]
identity=46.9; qcov=1.01; evalue=1.21e-152; confidence=high
RiceOs10g0442400
-
identity=42.8; qcov=0.996; evalue=4.15e-134; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017551

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057802329.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802329.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802329.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802329.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802329.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:10828902 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 3 B34,C10,C74
Chr3:10828902 T TGG 2bp_insertion CDS_variant 3 B34,C10,C74
Chr3:10828905 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B34,C10,C74
Chr3:10828905 CA C 1bp_deletion CDS_variant 3 B34,C10,C74
Chr3:10828995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr3:10829172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B7,C32,C60,C68
Chr3:10829195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B34,B41,C10,C21,C74
Chr3:10829199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:10829234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:10829235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr3:10829270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr3:10829337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B125,B66,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802329.1
476 aa
N
1
238
476
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 284-443 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802329.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 284 443 8.9e-17 61.8 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946346.1
TCTTGTATAAGATAAACATCCTTCCCAAAAATCAGAATATTTGAGAGATATATATAAGCATGGGAGAAAGGCAGAGAAAGGTCCATGGCATCATGATATGCCTTCCCTTCCAAGGGCATCTCAACCCATTTGTGAGTGTAGCTCTCAAGCTTGCCTCTAAGGGCTTCGCCATCACCTTCGTGCATCTCGAATTCCTTTACCGCAAGCTACGCGACGCCCACCACGCCAACGAAACTGACGTCGATTTCTTTTCTGGAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017551
ATGGGAGAAAGGCAGAGAAAGGTCCATGGCATCATGATATGCCTTCCCTTCCAAGGGCATCTCAACCCATTTGTGAGTGTAGCTCTCAAGCTTGCCTCTAAGGGCTTCGCCATCACCTTCGTGCATCTCGAATTCCTTTACCGCAAGCTACGCGACGCCCACCACGCCAACGAAACTGACGTCGATTTCTTTTCTGGAGCTCGAGAGCTAGGCCTCGACATCCGTTTCACCACCATGGCCGATTGTTTTCCTCTGGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802329.1
MGERQRKVHGIMICLPFQGHLNPFVSVALKLASKGFAITFVHLEFLYRKLRDAHHANETDVDFFSGARELGLDIRFTTMADCFPLEFDRDANFPEYWETMARDFPALADEFVGNVVSSEPDMIHFLVADTIYNWPAAVARKYNLVNVSLWTQPALVYCLAYHWDLLEQNGHFPCKDDVEEEIKYIPGVESINTKDLMHYLKESQFGSVATRMMRSVFEQAKMADFVLQNTVEELEPQTLSALHKYLPNYAIGPLNFSKNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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