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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001145

染色体: Chr03 坐标: 13203528-13208130 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001145
名称SmilChr03G001145
描述uncharacterized SmilChr03G001145
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向13203528 - 13208130 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017555
GeneID131017555
locus_tag-
NCBI NameLOC131017555
原始查询LOC131017555

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017555

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802335.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057802335.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802335.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802335.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057802335.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:13206257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B86
Chr3:13206280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B76,C49,C64
Chr3:13206290 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B72,B86,C7
Chr3:13206323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B56,B93,C29,C62
Chr3:13206346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C11,C69
Chr3:13206348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B36,B83,C59
Chr3:13206349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A14,B77
Chr3:13206372 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 36 A1,A14,A18,A24,A4,B109,B113,B120,B13,B134,B27,B3,B41,B44,B5,B51,B52,B57,B58,B60,B69,B73,B81,B87,B89,B9,C17,C47,C52,C55,C57,C72,C74,C82,C86,D8
Chr3:13206382 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B113,B131,B41,B61,B62,B90,C23,C81,D10
Chr3:13206383 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C11,C69
Chr3:13206383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr3:13206438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946352.1
GCTATATTCCGACAGCTGCTCCTTCGTTTTTTGCAGATGATCTTTTTTACAAGACAAAAAAATTATGCAATCTTTTCTTCTTCAAATAACTTGGACAAATTCGTTCACAGGAATCAAGCACGGCAAACGTGGCAGATTTTATAACATTTCTCTTCCTCTCCAAGCCACTGAATAAAGGAAAATTTCCATGTCTATCAATTCTTTTCCGTGGCAACGATTTTTTTTAATCTTTGATGGAAATATTATTTTTTTTGCCGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017555
ATGGCTTATTACTTCAAGACCCATTTTTCACTTGAACGAGACTCTTGCACTCCCAAGATGGTTCAATACTCGGGAGAAGGAGGTGCGAGATTTTATGACAATGTGAAAGCTCGCAAGCAAATTCACAAAGGCGATCAAGTTGCATGGAGTTGCACGATGTATAGTTGGGACAAAGACATCTCTTTCATCGATGATGAGAATGCAAAGGAGTCCGAGTTTTGCTACTTCATGGCTGTCCGTTCCAACTATCTAACTCGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802335.1
MAYYFKTHFSLERDSCTPKMVQYSGEGGARFYDNVKARKQIHKGDQVAWSCTMYSWDKDISFIDDENAKESEFCYFMAVRSNYLTRRLEDGFVVEPYSPHRFSRQFGFYQVRPGVLSHNFRKASLDDGLKYWDATALRKSASKALLPCVPSTAKKLSSADYKDWWCQVYKRSFEENVIQAPPKTNGVSKDRDKADQLAPPKEKRKVDAASLGGINSSSDERHWKRKRVEPVEFVDEHSQGDHHDSSATVTKTHGEVLEVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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