当前解析结果
SmilChr03G000985| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000985 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000985 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g33370-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 11161562 - 11164787 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017575 |
|---|---|
| GeneID | 131017575 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017575 |
| 原始查询 | LOC131017575 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g33370-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At5g33370-like |
| Arabidopsis | AT5G33370 (AT5G33370)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833315] identity=76.8; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0617400 (OsGELP40)- identity=71; qcov=0.908; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017575 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057802361.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802361.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802361.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802361.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802361.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:11161799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B46,B70,C61 |
Chr3:11161808 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B58,B77 |
Chr3:11162706 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr3:11162727 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,D9 |
Chr3:11162781 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr3:11162817 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
Chr3:11162856 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr3:11163047 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr3:11163085 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,D3 |
Chr3:11163097 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B119,B97,C40 |
Chr3:11163103 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B119,B97,C40 |
Chr3:11163109 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802361.1PF00657
Lipase_GDSL 35-345 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802361.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 35 | 345 | 3.2e-33 | 116.3 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。