当前解析结果
SmilChr03G000986| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000986 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000986 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g33370-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 11172685 - 11177576 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017576 |
|---|---|
| GeneID | 131017576 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017576 |
| 原始查询 | LOC131017576 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g33370-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At5g33370-like |
| Arabidopsis | AT5G33370 (AT5G33370)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833315] identity=74.2; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0507700 (OsGELP56)- identity=71.9; qcov=0.913; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017576 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057802362.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802362.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802362.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802362.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802362.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:11172804 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B115,C33,C44,C63,D3 |
Chr3:11172966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A8,B31,B48,C25 |
Chr3:11172975 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C26,C30,C35,C5 |
Chr3:11173011 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr3:11175561 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B21 |
Chr3:11175561 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr3:11175908 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr3:11175926 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr3:11177123 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B20,B42,B43 |
Chr3:11177135 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B23,C39 |
Chr3:11177138 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:11177159 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A8,B31,B48,C25 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802362.1PF00657
Lipase_GDSL 33-343 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802362.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 33 | 343 | 1.9e-31 | 110.5 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。