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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001209

染色体: Chr03 坐标: 13927972-13928696 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001209
名称SmilChr03G001209
描述6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向13927972 - 13928696 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017601
GeneID131017601
locus_tag-
NCBI NameLOC131017601
原始查询LOC131017601

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
产物6%2C7%2C8-trihydroxycoumarin synthase-like
ArabidopsisAT3G26330 (CYP71B37)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822237]
identity=54.3; qcov=0.995; evalue=1.69e-67; confidence=high
RiceOs03g0593600 (CYP71W1)
-
identity=52.2; qcov=0.973; evalue=1.11e-64; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057802391.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802391.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802391.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802391.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802391.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:13928113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B62,D3
Chr3:13928147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B136,B26
Chr3:13928152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr3:13928153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,D7
Chr3:13928159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B139,C40
Chr3:13928164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C42,C56
Chr3:13928184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C82
Chr3:13928189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr3:13928198 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A6,B39,B80,B91,B96,C62,D6
Chr3:13928222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,C52,C82
Chr3:13928226 C CCG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B49,C82
Chr3:13928226 C CCG 2bp_insertion CDS_variant 2 B49,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802391.1
187 aa
N
1
94
187
p450
C
PF00067 p450 2-179 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802391.1 Pfam PF00067 p450 Domain 2 179 7.8e-58 197.1 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946408.1
TTTTTATTGCTGCAACTGATACGACGACTGTCTCAATCGTTTGGACGATGACGGCACTAATGAAAGCGCCCATCGTGATGAAAAAAGTGCAAGCAGAAATCAGAAATTTGATAGGTGAAAAGGGTAAATTAGATGAAGGTGATTTGCCCAACCTTCCCTATTTGACAGCAGTGATTAAGGAGACATTGAGGTTGTACCCTCCAGCTCCACTGCTTGTACCAAGACAAACAATAGAAAAATGCACTCTAGAGGGATACGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017601
ATGACGGCACTAATGAAAGCGCCCATCGTGATGAAAAAAGTGCAAGCAGAAATCAGAAATTTGATAGGTGAAAAGGGTAAATTAGATGAAGGTGATTTGCCCAACCTTCCCTATTTGACAGCAGTGATTAAGGAGACATTGAGGTTGTACCCTCCAGCTCCACTGCTTGTACCAAGACAAACAATAGAAAAATGCACTCTAGAGGGATACGAGATTCAACCTAATACGGTGGTTTTTGTTAACGTGTGGGCGGTTGCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802391.1
MTALMKAPIVMKKVQAEIRNLIGEKGKLDEGDLPNLPYLTAVIKETLRLYPPAPLLVPRQTIEKCTLEGYEIQPNTVVFVNVWAVARDPKYWENPDEFMPERFLNSNIHDITGQDFRAIPFGSGRRICPGMSMGLANVELTVASLLYNFDWEMPEGIKAQDIDTDTVPGITMHKKNPLILVARDYVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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