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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000968

染色体: Chr03 坐标: 10969059-10972258 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000968
名称SmilChr03G000968
描述tubulin beta-1 chain-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向10969059 - 10972258 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017609
GeneID131017609
locus_tag-
NCBI NameLOC131017609
原始查询LOC131017609

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tubulin beta-1 chain-like
产物tubulin beta-1 chain-like
ArabidopsisAT5G23860 (TUB8)
tubulin beta 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832451]
identity=96.8; qcov=0.633; evalue=3.7e-60; confidence=high
RiceOs05g0413200 (TUB6)
-
identity=96.8; qcov=0.633; evalue=2.73e-60; confidence=high
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005200 (structural constituent of cytoskeleton); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule)
KEGG-
PfamPF00091 (Tubulin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017609

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057802404.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057802404.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802404.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802404.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802404.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:10970725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B37,C31
Chr3:10970737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr3:10970750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr3:10970879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,A25,B37,C31
Chr3:10970989 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C12
Chr3:10970989 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C12
Chr3:10971037 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 A25,B37,C31
Chr3:10971037 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 A25,B37,C31
Chr3:10971039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr3:10972032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr3:10972045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr3:10972122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,C11,C19,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802404.1
147 aa
N
1
74
147
Tubulin
C
PF00091 Tubulin 16-97 aa
XP_057802405.1
147 aa
N
1
74
147
Tubulin
C
PF00091 Tubulin 16-97 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802404.1 Pfam PF00091 Tubulin Domain 16 97 5.5e-26 92.7 Tubulin/FtsZ family, GTPase domain
XP_057802405.1 Pfam PF00091 Tubulin Domain 16 97 5.5e-26 92.7 Tubulin/FtsZ family, GTPase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099667.1
CCGTGTAATGTGATGATGCCTTTTGGTATCAGATCTGGGAATTTCGTTTCCAACGCTCCACTCACCGCCGTCCAGCAACTCGTCCCGCCTCCCCACCGTCTATCCACTGCTGCGCCTGGCCTCGCCGTCGCCGTCGATTGCAGCGCCTAGCCTCGCCGCGCTGCTGCGCCTCTCCTCGCTGCGCCGCGTATTGCTACTCCTCGCCTCGCCGCACTGTCGATTGCTGCGCCTCGACTCGCCATCGATTGCTGCCACCCATT...
XR_009099666.1
TAATGTGATGATGCCTTTTGGTATCAGATCTGGGAATTTCGTTTCCAACGCTCCACTCACCGCCGTCCAGCAACTCGTCCCGCCTCCCCACCGTCTATCCACTGCTGCGCCTGGCCTCGCCGTCGCCGTCGATTGCAGCGCCTAGCCTCGCCGCGCTGCTGCGCCTCTCCTCGCTGCGCCGCGTATTGCTACTCCTCGCCTCGCCGCACTGTCGATTGCTGCGCCTCGACTCGCCATCGATTGCTGCCACCCATTGAGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131017609
ATGTTTCCTCTGAATACTGGTTTGATTACCAGCTATTTGTTTTATGTTTCAGGTTTTCAGGTTTGCCACTCTCTAGGAGGCGGAACTGGATCTGGAATGGGAACTCTTCTAATTTCTAAAATCAGGGAGGAGTATCCTGACAGGATGATGCTTACTTTCTCGGTCTTTCCCTCGCCTAAGGTCTCAGACACTGTTGTTGAGCCCTATAATGCTACCCTTTCTGTTCACCAGCTTGTTGAGAATGCTGATGAGTGTATGGT...
LOC131017609
ATGTTTCCTCTGAATACTGGTTTGATTACCAGCTATTTGTTTTATGTTTCAGGTTTTCAGGTTTGCCACTCTCTAGGAGGCGGAACTGGATCTGGAATGGGAACTCTTCTAATTTCTAAAATCAGGGAGGAGTATCCTGACAGGATGATGCTTACTTTCTCGGTCTTTCCCTCGCCTAAGGTCTCAGACACTGTTGTTGAGCCCTATAATGCTACCCTTTCTGTTCACCAGCTTGTTGAGAATGCTGATGAGTGTATGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057802404.1
MFPLNTGLITSYLFYVSGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEGLYDICFRTLKLTTPSFLQSMDQDARKELTPLKLRAKAANIILEEMCRIHNMALHL
XP_057802405.1
MFPLNTGLITSYLFYVSGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEGLYDICFRTLKLTTPSFLQSMDQDARKELTPLKLRAKAANIILEEMCRIHNMALHL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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