当前解析结果
SmilChr03G001065| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001065 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001065 |
| 描述 | ureide permease 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 12365522 - 12368042 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131017617 |
|---|---|
| GeneID | 131017617 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017617 |
| 原始查询 | LOC131017617 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ureide permease 4-like |
| 产物 | ureide permease 4-like |
| Arabidopsis | AT2G03590 (UPS1)ureide permease 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814888] identity=82.5; qcov=0.385; evalue=1.07e-16; confidence=low |
| Rice | Os12g0502800- identity=77.5; qcov=0.385; evalue=3.73e-16; confidence=low |
| GO | GO:0005274 (allantoin:proton symporter activity); GO:0015505 (uracil:monoatomic cation symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071705 (nitrogen compound transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07168 (Ureide_permease) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017617 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.80000 | XP_057802418.1 |
| 2 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.60000 | XP_057802417.1 |
| 3 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057802418.1 |
| 4 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057802417.1 |
| 5 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057802418.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:12366961 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr3:12367143 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A19,B102,B110,B112,B115,B136,B15,B22,B26,B31,B39,B78,C1,C28,C39,C4,C57,C61,C63,C8,C80,D5 |
Chr3:12367749 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B67,B74,B78 |
Chr3:12367819 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C20 |
Chr3:12367827 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C20 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802417.1PF07168
Ureide_permease 46-102 aa
XP_057802418.1PF07168
Ureide_permease 46-101 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802417.1 |
Pfam | PF07168 |
Ureide_permease | Family | 46 | 102 | 9.2e-18 | 64.8 | Ureide permease |
XP_057802418.1 |
Pfam | PF07168 |
Ureide_permease | Family | 46 | 101 | 4.2e-17 | 62.7 | Ureide permease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
6 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。