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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001065

染色体: Chr03 坐标: 12365522-12368042 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001065
名称SmilChr03G001065
描述ureide permease 4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向12365522 - 12368042 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017617
GeneID131017617
locus_tag-
NCBI NameLOC131017617
原始查询LOC131017617

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ureide permease 4-like
产物ureide permease 4-like
ArabidopsisAT2G03590 (UPS1)
ureide permease 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814888]
identity=82.5; qcov=0.385; evalue=1.07e-16; confidence=low
RiceOs12g0502800
-
identity=77.5; qcov=0.385; evalue=3.73e-16; confidence=low
GOGO:0005274 (allantoin:proton symporter activity); GO:0015505 (uracil:monoatomic cation symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071705 (nitrogen compound transport)
KEGG-
PfamPF07168 (Ureide_permease)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017617

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057802418.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057802417.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057802418.1
4 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057802417.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057802418.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:12366961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:12367143 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 22 A19,B102,B110,B112,B115,B136,B15,B22,B26,B31,B39,B78,C1,C28,C39,C4,C57,C61,C63,C8,C80,D5
Chr3:12367749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,B74,B78
Chr3:12367819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C20
Chr3:12367827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802417.1
106 aa
N
1
53
106
Ureide_permease
C
PF07168 Ureide_permease 46-102 aa
XP_057802418.1
104 aa
N
1
52
104
Ureide_permease
C
PF07168 Ureide_permease 46-101 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802417.1 Pfam PF07168 Ureide_permease Family 46 102 9.2e-18 64.8 Ureide permease
XP_057802418.1 Pfam PF07168 Ureide_permease Family 46 101 4.2e-17 62.7 Ureide permease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099688.1
GTGGCTTTATCCCATTACTCCGTCTTTCCCCCTTTTTCTCTCTCTCTACGCCCTAATCCTCCCCGCCGAGGACCACCACCCCTCTCCAATTCGTCTCCTTCGATCCGATCTTCGCCTCTGGCAAGCTCATCGTCATCGCCGCCGCCAACGACGACTTCCTCCCCGCCCTCTCTCAGCCTCTAATTTTCGATCCGCTCTCCGAAAAATGGACCCTCGGCCTGCAGCTCGCCTCCGCCCGCCGCTGGTGCGTTGCCGGCGCC...
XR_009099686.1
GTGGCTTTATCCCATTACTCCGTCTTTCCCCCTTTTTCTCTCTCTCTACGCCCTAATCCTCCCCGCCGAGGACCACCACCCCTCTCCAATTCGTCTCCTTCGATCCGATCTTCGCCTCTGGCAAGCTCATCGTCATCGCCGCCGCCAACGACGACTTCCTCCCCGCCCTCTCTCAGCCTCTAATTTTCGATCCGCTCTCCGAAAAATGGACCCTCGGCCTGCAGCTCGCCTCCGCCCGCCGCTGGTGCGTTGCCGGCGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131017617
ATGGACCCTCGGCCTGCAGCTCGCCTCCGCCCGCCGCTGGTGCGTTGCCGGCGCCTCTCGCGGCGCCTCTCGCGGCGCCGTCTTCGTCGTCAGCGGGATCAGCTCACAATACAACAGAGTTATGATTTTACTTCAATTGGAGCTATTTTTGCTGCAACAGATATTGTTTGTATGCTGCTAGACCAACTATCTCAGGATAATTGGTCTAGTGTGTTGTTTAAAATGGGTGGTGGGATTGTTCTGAGTCTTGGCAATCTGGC...
LOC131017617
ATGGACCCTCGGCCTGCAGCTCGCCTCCGCCCGCCGCTGGTGCGTTGCCGGCGCCTCTCGCGGCGCCTCTCGCGGCGCCGTCTTCGTCGTCAGCGGGATCAGCTCACAATACAACAGAGTTATGATTTTACTTCAATTGGAGCTATTTTTGCTGCAACAGATATTGTTTGTATGCTGCTAGACCAACTATCTCAGGATAATTGGTCTAGTGTGTTGTTTAAAATGGGTGGTGGGATTGTTCTGAGTCTTGGCAATCTGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057802417.1
MDPRPAARLRPPLVRCRRLSRRLSRRRLRRQRDQLTIQQSYDFTSIGAIFAATDIVCMLLDQLSQDNWSSVLFKMGGGIVLSLGNLATQCAWAFVGLSVTQVNYHI
XP_057802418.1
MDPRPAARLRPPLVRCRRLSRRLSRRRLRRQRDQLTIQQSYDFTSIGAIFAATDIVCMLLDQLSQDNWSSVLFKMGGGIVLSLGNLATQCAWAFVGLSVTQERR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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