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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001396

染色体: Chr01 坐标: 27441038-27449589 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001396
名称SmilChr01G001396
描述ferruginol synthase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向27441038 - 27449589 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017777
GeneID131017777
locus_tag-
NCBI NameLOC131017777
原始查询LOC131017777

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ferruginol synthase-like
产物ferruginol synthase-like
ArabidopsisAT2G46660 (CYP78A6)
cytochrome P450, family 78, subfamily A, polypeptide 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819278]
identity=32.1; qcov=0.364; evalue=1.03e-18; confidence=low
RiceOs07g0644600 (OJ1458_B07.110)
-
identity=40.4; qcov=0.938; evalue=4.84e-113; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017777

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057802484.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057802484.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802484.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802484.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802484.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:27441347 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B23,C45
Chr1:27441358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B127,B20,B99,C1
Chr1:27441743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:27441759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr1:27441783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:27442769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B38,B39,C54
Chr1:27443668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr1:27443682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C27
Chr1:27446287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,D4
Chr1:27446425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:27446438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:27446451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,C34,C7,C72,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802484.1
530 aa
N
1
265
530
p450
C
PF00067 p450 71-513 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802484.1 Pfam PF00067 p450 Domain 71 513 1.1e-45 157.0 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946501.1
GTTCAAATACGACATTATTCGAAGGGAGTAAATGTTTTTGGAAAATTGACTAATCTAGAAAGATGACAATTGAGAGGAACAGTCAACTAAAATCACATGGCTGATGGCTGGGTGGGCACAATGTCAAAATCCCCAATCACTTGCTCCTCTCTCTCTCTCGCAAGCGTGTGACCGATGCTGGGGAAGTATGGCTTCCTGCCTTGAACGGGAGATCAATGCCTTCCTTTGGCTATCACTCATAGGTGTAACCTCCTTTTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017777
ATGGCTGGGTGGGCACAATGTCAAAATCCCCAATCACTTGCTCCTCTCTCTCTCTCGCAAGCGTGTGACCGATGCTGGGGAAGTATGGCTTCCTGCCTTGAACGGGAGATCAATGCCTTCCTTTGGCTATCACTCATAGGTGTAACCTCCTTTTTGCTTGGAAAATTAGCCAACATATTCCAGTTATGGCGCAAGGCCCGCCTCCTACCCGGCCCACCTTGCCCTTCCTTCTACGGCCACGGCCGCCTCGTTTCCAGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802484.1
MAGWAQCQNPQSLAPLSLSQACDRCWGSMASCLEREINAFLWLSLIGVTSFLLGKLANIFQLWRKARLLPGPPCPSFYGHGRLVSSSNLTDVLHKMHKKYGGVVKIWLGATQLLVSIEEMDLIKEVLLKAEDKLPLTGRAFRLAFGKSSLFISSFEKVEHQRNALEMKLGVLLERASSIPEQILVHVIENAQSARPNGAVDSETISFYLAYTILGATIFGDVFLAWPKATFFKELLVKIAKDACFWASYGVTPFWKRGFW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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