Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001300`

染色体: Chr03 坐标: 15222696-15224815 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001300`
名称	SmilChr03G001300
描述	uncharacterized SmilChr03G001300
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	15222696 - 15224815 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017807`
GeneID	`131017807`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017807`
原始查询	`LOC131017807`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828488]; symbol=AT4G23885; hit=AT4G23885; species=arabidopsis; confidence=low
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828488]; symbol=AT4G23885; hit=AT4G23885; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G23885` (AT4G23885) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828488] identity=46.4; qcov=1.02; evalue=3.73e-18; confidence=low
Rice	`Os06g0530200` - identity=38; qcov=1.22; evalue=2.34e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017807

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057802522.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802522.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802522.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802522.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802522.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:15222947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,B87,D10
`Chr3:15223389`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,B57
`Chr3:15224726`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	57	A7,B10,B110,B114,B122,B13,B134,B137,B14,B140,B16,B2,B25,B26,B27,B3,B31,B38,B39,B44,B46,B47,B51,B53,B63,B65,B69,B70,B71,B80,B83,B88,B89,B9,B98,C14,C15,C17,C18,C22,C27,C41,C45,C50,C58,C6,C80,C81,C85,C86,C87,D10,D11,D2,D4,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946539.1
CATTAGTACTTTTCCTGCTTTGTCTCTGCCAATATTTGGTAATTCAGATTCAGAAACTACGCGTTTGTGAAGAAAAGTCGAGAGAGAGATGGGGGCAGGGCAAGCGATGAAGAGAATCCCACGCATCAAATTTCCTCAACGCAATCCAAAACCCTCTGGTACAACCACCCAGATTGATGATATCTCCATGAATGATATCAAGAATGATGATCTTGTTACGAAATTCTTCTCAAGGGTGCCATCTGCAGCGTCGGGAGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017807
ATGGGGGCAGGGCAAGCGATGAAGAGAATCCCACGCATCAAATTTCCTCAACGCAATCCAAAACCCTCTGGTACAACCACCCAGATTGATGATATCTCCATGAATGATATCAAGAATGATGATCTTGTTACGAAATTCTTCTCAAGGGTGCCATCTGCAGCGTCGGGAGGGAAGGCTTCCGATCAGCCTAAAAGAACTCCTGTTTCTCAAGAGGAGATTGACTCAATCATGTTGGGTGGCTGTTTCTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802522.1
MGAGQAMKRIPRIKFPQRNPKPSGTTTQIDDISMNDIKNDDLVTKFFSRVPSAASGGKASDQPKRTPVSQEEIDSIMLGGCF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器