Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001343`

染色体: Chr03 坐标: 15693797-15694388 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001343`
名称	SmilChr03G001343
描述	60S ribosomal protein L22-2-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	15693797 - 15694388 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017834`
GeneID	`131017834`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017834`
原始查询	`LOC131017834`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L22-2-like
产物	60S ribosomal protein L22-2-like
Arabidopsis	`AT3G05560` (AT3G05560) Ribosomal L22e protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819722] identity=83.3; qcov=1; evalue=2.07e-62; confidence=high
Rice	`Os07g0674200` (P0618H09.1) - identity=87.3; qcov=0.873; evalue=1.29e-55; confidence=high
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01776 (Ribosomal_L22e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017834

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057802557.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057802557.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057802557.1`
4	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057802557.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802557.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:15693876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802557.1

126 aa

126

Ribosomal_L22e

PF01776 Ribosomal_L22e 16-125 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802557.1`	Pfam	`PF01776`	Ribosomal_L22e	Family	16	125	7.6e-46	155.7	Ribosomal L22e protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946574.1
ACACACAGTTCACGCACTCTGCCGTTCCATTCCACAGCTACGAAAAAAAAAACTTCGCGAAGATGAGCAAAGGCACGGCGGCTGCGGCGGCAAAGGGCGGGAAGAAGAAGGGGGTTAGCTTCGTGATCGATTGCTCGAAGCCGGTGGAGGATAAGATCATGGAGATCGCTTCGCTAGAGAAGTTTTTGCAGGAAAGAATAAAGGTCGGCGGCAAAGCTGGTGCTCTCGGCGATTTCGTTACCGTCAGCCGCGACAAGAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017834
ATGAGCAAAGGCACGGCGGCTGCGGCGGCAAAGGGCGGGAAGAAGAAGGGGGTTAGCTTCGTGATCGATTGCTCGAAGCCGGTGGAGGATAAGATCATGGAGATCGCTTCGCTAGAGAAGTTTTTGCAGGAAAGAATAAAGGTCGGCGGCAAAGCTGGTGCTCTCGGCGATTTCGTTACCGTCAGCCGCGACAAGAACAAGATCACCGTCACCGCGGATTCCACTTTCTCCAAAAGGTATTTGAAGTATTTGACAAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802557.1
MSKGTAAAAAKGGKKKGVSFVIDCSKPVEDKIMEIASLEKFLQERIKVGGKAGALGDFVTVSRDKNKITVTADSTFSKRYLKYLTKKYLKKHNVRDWLRVISSNKERNVYELRYFNIAEQEGEDED

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器