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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001389

染色体: Chr03 坐标: 16471407-16494841 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001389
名称SmilChr03G001389
描述uncharacterized SmilChr03G001389
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向16471407 - 16494841 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017864
GeneID131017864
locus_tag-
NCBI NameLOC131017864
原始查询LOC131017864

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017864

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802594.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057802595.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057802594.1
4 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057802594.1
5 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057802595.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:16471651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr3:16471711 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 5 B6,C20,C45,C64,C74
Chr3:16471711 ATT A 2bp_deletion CDS_variant 5 B6,C20,C45,C64,C74
Chr3:16471713 TCA * 2bp_deletion CDS_variant 5 B6,C20,C45,C64,C74
Chr3:16471730 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B6,B88,C20,C45,C64,C74
Chr3:16471750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr3:16471858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr3:16481007 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B17,B21,B77,B9,B90,B92,B99,C28,C5,C75
Chr3:16481057 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 9 A25,B121,B127,B128,B130,B37,B63,C29,C79
Chr3:16481066 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A16,A3,B133,B24,B27,B29,B34,B46,B49,C17,C32,C68,C86,D10
Chr3:16485857 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 16 B10,B110,B112,B115,B131,B133,B21,B28,B36,B83,B95,C32,C49,C59,C60,C68
Chr3:16485858 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 42 A19,A5,A7,B100,B107,B109,B119,B122,B124,B127,B139,B18,B26,B31,B37,B54,B55,B61,B62,B7,B75,B76,B79,B80,B82,B87,B88,B90,B92,B96,C11,C3,C40,C43,C44,C62,C63,C69,C77,C8,C83,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946611.1
GATTAGAGTCACGTCTCTGACCAAATTAAGCAAAGACAAAACTCGAGTCAATTAAACCCAAGTCAGTTCTTTGAATCAATCAGGTCGAATTTTTTTCATAGCCTATCAATCCAATCGAGCTCGGCTCTTTCCGTAATAGAGAATCATTATCTTCGATCTATTCAGACCATTCCATAAGTTCCCAATTTGGATTAAAATCCGTTGTGACTACTGGAGTCAATAAAAGCGTATGATGATCGATGGCGGATATAGGAGTGGAG...
XM_057946612.1
ATTAGAGTCACGTCTCTGACCAAATTAAGCAAAGACAAAACTCGAGTCAATTAAACCCAAGTCAGTTCTTTGAATCAATCAGGTCGAATTTTTTTCATAGCCTATCAATCCAATCGAGCTCGGCTCTTTCCGTAATAGAGAATCATTATCTTCGATCTATTCAGACCATTCCATAAGTTCCCAATTTGGATTAAAATCCGTTGTGACTACTGGAGTCAATAAAAGCGTATGATGATCGATGGCGGATATAGGAGTGGAGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131017864
ATGGCGGATATAGGAGTGGAGTTCCTGGTTAAAAGCCTCAAGGTTTTTCTGGGCCACTCTCATCTATTCACCGACACCAGTAATCAGATCGAGTGTCTGCAGAAGGATCTCCGCCTCCTCAACGACTCGGTCAAGAGGCGGACAAGAGATCAGAACATTCGCGATGCCGTTAATGAGGTGGAAGATGAAGTCGACCTCTTTCTCATCATCAAGGCTATGGAGAAAAAGACAGTTGGTGAGTGTCGGCGGTGGCGATGCAG...
LOC131017864
ATGGCGGATATAGGAGTGGAGTTCCTGGTTAAAAGCCTCAAGGTTTTTCTGGGCCACTCTCATCTATTCACCGACACCAGTAATCAGATCGAGTGTCTGCAGAAGGATCTCCGCCTCCTCAACGACTCGGTCAAGAGGCGGACAAGAGATCAGAACATTCGCGATGCCGTTAATGAGGTGGAAGATGAAGTCGACCTCTTTCTCATCATCAAGGCTATGGAGAAAAAGACAGTTGGTGAGTGTCGGCGGTGGCGATGCAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057802594.1
MADIGVEFLVKSLKVFLGHSHLFTDTSNQIECLQKDLRLLNDSVKRRTRDQNIRDAVNEVEDEVDLFLIIKAMEKKTVGECRRWRCRRRRLMKAAQGLDSRRWWGTGWERRQANWRWCRTLASL
XP_057802595.1
MADIGVEFLVKSLKVFLGHSHLFTDTSNQIECLQKDLRLLNDSVKRRTRDQNIRDAVNEVEDEVDLFLIIKAMEKKTVGECRRWRCRRRRLMKAAQGLDSRRWWGTGWERRQANWLR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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