当前解析结果
SmilChr03G001441| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001441 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001441 |
| 描述 | putative dynamin-related protein 4A |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 17144939 - 17145602 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131017910 |
|---|---|
| GeneID | 131017910 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017910 |
| 原始查询 | LOC131017910 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative dynamin-related protein 4A |
| 产物 | putative dynamin-related protein 4A |
| Arabidopsis | AT1G60530 (DRP4A)Dynamin related protein 4A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842348] identity=65.3; qcov=1; evalue=4.11e-39; confidence=medium |
| Rice | Os03g0260000- identity=70.6; qcov=1.01; evalue=1.01e-38; confidence=medium |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00350 (Dynamin_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017910 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057802634.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057802634.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057802634.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802634.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802634.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:17145182 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr3:17145194 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr3:17145220 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B104,B84,C77 |
Chr3:17145225 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B135,B22,B79,C48 |
Chr3:17145233 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A22,B37,C16,C33,C58,C63 |
Chr3:17145258 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C18,C65 |
Chr3:17145274 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B104,B84,C77 |
Chr3:17145283 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C18,C65,C72 |
Chr3:17145313 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr3:17145321 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,B48,D5,D7 |
Chr3:17145326 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C55 |
Chr3:17145363 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B104,B84,C36,C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802634.1PF00350
Dynamin_N 10-99 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802634.1 |
Pfam | PF00350 |
Dynamin_N | Domain | 10 | 99 | 3.4e-19 | 70.2 | Dynamin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。