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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001448

染色体: Chr03 坐标: 17272952-17277546 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001448
名称SmilChr03G001448
描述uncharacterized SmilChr03G001448
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向17272952 - 17277546 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017917
GeneID131017917
locus_tag-
NCBI NameLOC131017917
原始查询LOC131017917

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0212200; species=rice; confidence=high
产物hit=Os05g0212200; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT4G23840 (AT4G23840)
Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828483]
identity=47.6; qcov=0.959; evalue=2.59e-149; confidence=high
RiceOs05g0212200
-
identity=49.2; qcov=0.954; evalue=5.77e-166; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF13516 (LRR_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017917

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802636.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057802640.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057802636.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802640.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802640.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:17273328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B105
Chr3:17273420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr3:17274215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C30
Chr3:17275252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr3:17275289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr3:17275963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:17275965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B60,B95,C1,C61
Chr3:17276347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C56
Chr3:17277084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,C76
Chr3:17277130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802636.1
583 aa
N
1
292
583
LRR_6
C
PF13516 LRR_6 110-130 aa
XP_057802638.1
583 aa
N
1
292
583
LRR_6
C
PF13516 LRR_6 110-130 aa
XP_057802639.1
583 aa
N
1
292
583
LRR_6
C
PF13516 LRR_6 110-130 aa
XP_057802640.1
543 aa
N
1
272
543
LRR_6
C
PF13516 LRR_6 70-90 aa
XP_057802641.1
543 aa
N
1
272
543
LRR_6
C
PF13516 LRR_6 70-90 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802636.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 110 130 3.7e-07 30.4 Leucine Rich repeat
XP_057802638.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 110 130 3.7e-07 30.4 Leucine Rich repeat
XP_057802639.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 110 130 3.7e-07 30.4 Leucine Rich repeat
XP_057802640.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 70 90 9.3e-08 32.3 Leucine Rich repeat
XP_057802641.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 70 90 9.3e-08 32.3 Leucine Rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946655.1
ACTGATAAAAATCTAAAACAGCAATTTTGTTTTTAATCAAAACCGAGTTAATTGAATCCGAGAATTCATTAGAATACAAGTGCTAGGAAATCATTAAGGAGACCGCAGACTATTCAAAGTCAATTCTTCCTCATCAATCCGCAATAGTTATATACATTTATCAATTGTCGGCCAATTTCCTCAAAATATTCTTAAAATTAAGAAGGCGCAGCTGAAACTGAGGAACTAAAACAATGGAGAGTTTGTTGGTGCGCATGTGC...
XM_057946653.1
ATTGTCCTTTTTATATGTTTTTCCTCATTTGTTTCCTCGATCTCATTTGTGCTTCTTTTTTAATCTTCAGTATTCAAAGTCAATTCTTCCTCATCAATCCGCAATAGTTATATACATTTATCAATTGTCGGCCAATTTCCTCAAAATATTCTTAAAATTAAGAAGGCGCAGCTGAAACTGAGGAACTAAAACAATGGAGAGTTTGTTGGTGCGCATGTGCATCGAGGCGGCGACTGAGAGCGCCGTCGCCGTGGATAAGT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131017917
ATGGAGAGTTTGTTGGTGCGCATGTGCATCGAGGCGGCGACTGAGAGCGCCGTCGCCGTGGATAAGTGGCGGAGGCAGCGGCGAACTCTTGAGCGCATGCCGTCTCATCTCGCTGAGGCTCTCCTTCGCCATCTCCTCCACCGCCGCATGCTTTATCCCTCTCTTCTCGAAGTTTTCAAATACAGTGTAGAGGCCATCGATCTAAGGGGTGAAAGCTTTGTGGATGCTGAATGGATGGCATACTTGGGTGCATTCCGCTA...
LOC131017917
ATGGAGAGTTTGTTGGTGCGCATGTGCATCGAGGCGGCGACTGAGAGCGCCGTCGCCGTGGATAAGTGGCGGAGGCAGCGGCGAACTCTTGAGCGCATGCCGTCTCATCTCGCTGAGGCTCTCCTTCGCCATCTCCTCCACCGCCGCATGCTTTATCCCTCTCTTCTCGAAGTTTTCAAATACAGTGTAGAGGCCATCGATCTAAGGGGTGAAAGCTTTGTGGATGCTGAATGGATGGCATACTTGGGTGCATTCCGCTA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057802636.1
MESLLVRMCIEAATESAVAVDKWRRQRRTLERMPSHLAEALLRHLLHRRMLYPSLLEVFKYSVEAIDLRGESFVDAEWMAYLGAFRYLNSLILADCHKINNAALWNITGMTNLKELDLSRCSKITDAGIQHLLSLPALEKLRISETGVTADGVAILASLQNLLLLDLGGLPVTDSALNSLQTLTKLQHLDLWGSEVSNDSAIVLKMFPNLSFLNLAWTNVTTLPNLPSLTCLNMSNCTIDSLSEGEDQKPRLEKVIFSGA...
XP_057802638.1
MESLLVRMCIEAATESAVAVDKWRRQRRTLERMPSHLAEALLRHLLHRRMLYPSLLEVFKYSVEAIDLRGESFVDAEWMAYLGAFRYLNSLILADCHKINNAALWNITGMTNLKELDLSRCSKITDAGIQHLLSLPALEKLRISETGVTADGVAILASLQNLLLLDLGGLPVTDSALNSLQTLTKLQHLDLWGSEVSNDSAIVLKMFPNLSFLNLAWTNVTTLPNLPSLTCLNMSNCTIDSLSEGEDQKPRLEKVIFSGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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