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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001471

染色体: Chr03 坐标: 17557104-17560495 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001471
名称SmilChr03G001471
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向17557104 - 17560495 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017937
GeneID131017937
locus_tag-
NCBI NameLOC131017937
原始查询LOC131017937

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-1, chloroplastic
产物peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G26555 (AT4G26555)
FKBP-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828762]
identity=48.5; qcov=0.89; evalue=5.94e-24; confidence=medium
RiceOs02g0199300 (OsFKBP16-1)
-
identity=62.5; qcov=0.44; evalue=1.07e-14; confidence=low
GOGO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity)
KEGG-
PfamPF00254 (FKBP_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017937

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057802668.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057802675.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057802673.1
4 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057802668.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802675.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:17559094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C8
Chr3:17559130 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 11 A24,B101,B107,B26,C11,C14,C6,C69,C81,D10,D11
Chr3:17559201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B22,B23,B24,B31,C39
Chr3:17559205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:17559384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C8
Chr3:17559395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D10
Chr3:17559912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B54,B86,C13,C6,C8
Chr3:17560128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C34,C8
Chr3:17560129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B86
Chr3:17560317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:17560349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B39,B97,C59,C69
Chr3:17560354 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 23 A18,A2,B137,B138,B20,B40,B6,B64,B76,B8,B95,C11,C14,C18,C23,C29,C34,C60,C65,C74,C76,C81,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802668.1
196 aa
N
1
98
196
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 85-145 aa
XP_057802669.1
196 aa
N
1
98
196
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 85-145 aa
XP_057802670.1
196 aa
N
1
98
196
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 85-145 aa
XP_057802671.1
196 aa
N
1
98
196
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 85-145 aa
XP_057802672.1
194 aa
N
1
97
194
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 83-143 aa
XP_057802673.1
179 aa
N
1
90
179
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 68-128 aa
XP_057802674.1
179 aa
N
1
90
179
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 68-128 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802668.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 85 145 1.4e-08 35.6 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
XP_057802669.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 85 145 1.4e-08 35.6 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
XP_057802670.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 85 145 1.4e-08 35.6 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
XP_057802671.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 85 145 1.4e-08 35.6 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
XP_057802672.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 83 143 1.4e-08 35.7 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
XP_057802673.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 68 128 1.2e-08 35.8 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
XP_057802674.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 68 128 1.2e-08 35.8 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946689.1
AGAAATAAAATCTAATTACCCTAGTTAGCCTTAAGCAAATTCGCGCCCATCAAATTTGCGTCCACCAGCCTCCAGTTCTCAGCGAATTCATCTTCAACAAAAATTCGTCCATTGCCGCGCCGCTGCCGCCCATTGCCGCGCCGCTCACTGCCACCCATTCGTCTGAAACATTGCCGCCCACTGCCGCGCCGCTCGTCTGGCCGCCGTCGACTGCTGCCTCTCTTCCGCTCTCTATCTCTCTCACCCGTTTTATCTCAATC...
XM_057946692.1
TAAAATCTAATTACCCTAGTTAGCCTTAAGCAAATTCGCGCCCATCAAATTTGCGTCCACCAGCCTCCAGTTCTCAGCGAATTCATCTTCAACAAAAATTCGTCCATTGCCGCGCCGCTGCCGCCCATTGCCGCGCCGCTCACTGCCACCCATTCGTCTGAAACATTGCCGCCCACTGCCGCGCCGCTCGTCTGGCCGCCGTCGACTGCTGCCTCTCTTCCGCTCTCTATCTCTCTCACCCGTTTTATCTCAATCTCTAA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131017937
ATGAGTGTTAGGACAACTAAGGAAGTCAAGTTGGTTTCTGTGCAAAAGAACATGGAGGATGGATATCCATCCTTTGTAGCAGATAAGGTAGCAAGAAGAGCGATCTTGCGGCCCATCGGAGTTAATGCAATCCTTGGAAATGTCTGCACTGCTCTTGCTGCCCCGATGCAGGAAATGAAAGAACTGGATGTTCTCAGGACACTGAAGCTTCCTTGTGAAGTGATAATACAAGACATAGTTGAAGGAAAAGGGCAAGAAGC...
LOC131017937
ATGAGTGTTAGGACAACTAAGGAAGTCAAGTTGGTTTCTGTGCAAAAGAACATGGAGGATGGATATCCATCCTTTGTAGCAGATAAGGTAGCAAGAAGAGCGATCTTGCGGCCCATCGGAGTTAATGCAATCCTTGGAAATGTCTGCACTGCTCTTGCTGCCCCGATGCAGGAAATGAAAGAACTGGATGTTCTCAGGACACTGAAGCTTCCTTGTGAAGTGATAATACAAGACATAGTTGAAGGAAAAGGGCAAGAAGC...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057802668.1
MSVRTTKEVKLVSVQKNMEDGYPSFVADKVARRAILRPIGVNAILGNVCTALAAPMQEMKELDVLRTLKLPCEVIIQDIVEGKGQEAGEEDTVQFNYVCRRSNGYFVHSTVDQFSGESSPVILRLDDEQVIKGLKEVLSGMKVGGWINEVHEERFVSFGYEIPTAATSNYFTFFVCISLGCIQTLTQTYGCRMIIE
XP_057802669.1
MSVRTTKEVKLVSVQKNMEDGYPSFVADKVARRAILRPIGVNAILGNVCTALAAPMQEMKELDVLRTLKLPCEVIIQDIVEGKGQEAGEEDTVQFNYVCRRSNGYFVHSTVDQFSGESSPVILRLDDEQVIKGLKEVLSGMKVGGWINEVHEERFVSFGYEIPTAATSNYFTFFVCISLGCIQTLTQTYGCRMIIE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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