Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001418`

染色体: Chr01 坐标: 27763875-27767537 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001418`
名称	SmilChr01G001418
描述	probable pectin methylesterase CGR3
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	27763875 - 27767537 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017938`
GeneID	`131017938`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017938`
原始查询	`LOC131017938`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable pectin methylesterase CGR3
产物	probable pectin methylesterase CGR3
Arabidopsis	`AT5G65810` (CGR3) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836710] identity=70.5; qcov=1; evalue=5.69e-137; confidence=high
Rice	`Os01g0144000` - identity=60.5; qcov=0.989; evalue=6.35e-113; confidence=high
GO	GO:0008168 (methyltransferase activity); GO:0045488 (pectin metabolic process)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017938

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057802676.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057802676.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802676.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802676.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802676.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:27764127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr1:27764169`	`C`	`CGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B71,C62
`Chr1:27764169`	`C`	`CGA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B71,C62
`Chr1:27764172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr1:27765041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C19,C39
`Chr1:27765051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:27766500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:27766521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B111,B17,B44,B69
`Chr1:27766536`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B111,B44,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946693.1
GCTCAGTCACTATTCACTAATGGAAAATGACGTCAAAGGAAATGAAATAAACCGACAAATTAAATCGAATTTTTTCCCCGCAATTAAATCTGGAGCCGCGTTTCCTCTGTTATCTGAGCTTTCACTGATTACGCCAAAATCTAGCATCAGCAGATCTAGATCCGAACTCTCACTTCTCCTGCTTCACTCTTTCTACTTTCCTTTTTAGGTTCTTCAAACTCTTAAGCGATGTCAAGAAGACCCAATGCTGCTCGCCGTAT...

XM_057946696.1
GTAAAAATGTATTTATTTGCTCCCTTGATCTCTCTCCTTTTCCTTTTCATAATTATTCAATGCTGCTTTGTTCTGTTGTGGAATCAATGGGTTCTTTCTTTCGCGCTTTTGATGGTTCTTCAAACTCTTAAGCGATGTCAAGAAGACCCAATGCTGCTCGCCGTATTGGAGATGGCGGGAGCATTCCTTTTGTCGGGGCATTGCATTCCAAGGCCCAAACTTCTCCACTATTATCCATTGGAATTTTTGTTGTGGGAGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131017938
ATGTCAAGAAGACCCAATGCTGCTCGCCGTATTGGAGATGGCGGGAGCATTCCTTTTGTCGGGGCATTGCATTCCAAGGCCCAAACTTCTCCACTATTATCCATTGGAATTTTTGTTGTGGGAGCATTGCTGGTTGTTGGTTATCTTTATCACAGTTCAGGTAGCAGGAGTGGTGACATAAATAGTTTAAGTAGACTTGAAGGTGGTGTTTCTTGTACTCTAGAAGTTCAGAAAATAATACCTATTCTGAAGAAAACATA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057802676.1
MSRRPNAARRIGDGGSIPFVGALHSKAQTSPLLSIGIFVVGALLVVGYLYHSSGSRSGDINSLSRLEGGVSCTLEVQKIIPILKKTYGDSMKKVLHVGPETCSVVSQLLKQEDTEVWGIEPYELDDADASCKSLVRKGIVRVADIKFPLPYRPKTFSLVIVSDALDYLSPKYLNKTVPQLARVASDGLVILSGYPGQQRAKVSELSKWGRPAKLRSSTWWIRFFIQTSLEENESAVKKFEQAVSKNPYKSACQVFHLKPL...

XP_057802679.1
MSRRPNAARRIGDGGSIPFVGALHSKAQTSPLLSIGIFVVGALLVVGYLYHSSGSRSGDINSLSRLEGGVSCTLEVQKIIPILKKTYGDSMKKVLHVGPETCSVVSQLLKQEDTEVWGIEPYELDDADASCKSLVRKGIVRVADIKFPLPYRPKTFSLVIVSDALDYLSPKYLNKTVPQLARVASDGLVILSGYPGQQRAKVSELSKWGRPAKLRSSTWWIRFFIQTSLEENESAVKKFEQAVSKNPYKSACQVFHLKPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器