Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001546`

染色体: Chr03 坐标: 19388937-19391577 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001546`
名称	SmilChr03G001546
描述	UDP-glycosyltransferase 83A1-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	19388937 - 19391577 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018007`
GeneID	`131018007`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018007`
原始查询	`LOC131018007`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-glycosyltransferase 83A1-like
产物	UDP-glycosyltransferase 83A1-like
Arabidopsis	`AT3G02100` (AT3G02100) UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820287] identity=40.2; qcov=0.994; evalue=4.12e-118; confidence=medium
Rice	`Os03g0757200` - identity=39.9; qcov=0.985; evalue=8.8e-118; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018007

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057802739.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057802739.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802739.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802739.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802739.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:19389007`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B120,B14,B65,D1,D4
`Chr3:19389007`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B120,B14,B65,D1,D4
`Chr3:19389077`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,C28,D11
`Chr3:19389111`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	52	A21,A8,B1,B101,B108,B113,B118,B119,B123,B125,B13,B131,B16,B18,B2,B22,B24,B25,B40,B53,B59,B6,B66,B68,B70,B72,B73,B74,B75,B87,C13,C15,C20,C22,C25,C27,C28,C36,C4,C45,C47,C48,C51,C53,C58,C62,C67,C70,D10,D3,D5,D8
`Chr3:19389114`	`GTT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	63	A10,A20,A21,A8,B1,B101,B108,B112,B113,B118,B119,B123,B125,B13,B131,B138,B16,B18,B2,B22,B24,B25,B40,B53,B59,B6,B66,B68,B70,B72,B73,B74,B75,B87,B91,C1,C13,C15,C20,C22,C25,C27,C28,C36,C39,C4,C45,C46,C47,C48,C51,C52,C53,C58,C62,C67,C70,C77,C79,D10,D3,D5,D8
`Chr3:19389254`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B110,C9
`Chr3:19389254`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B110,C9
`Chr3:19389269`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr3:19389405`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr3:19389418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr3:19389458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr3:19389622`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802739.1

468 aa

234

468

Glyco_transf_N

UDPGT

PF26168 Glyco_transf_N 13-48 aa PF00201 UDPGT 216-443 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802739.1`	Pfam	`PF26168`	Glyco_transf_N	Domain	13	48	4.4e-07	30.8	Glycosyltransferase, N-terminal domain
`XP_057802739.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	216	443	6.4e-26	91.9	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946756.1
ACAAAGATATGGGCCATGTGACATGTCTTCCATAGTAGATAAGAGTGAGAAGATTGCCGCCTTTCATCTGCTGTATACTAAGATATGTGCTGTAAGGCCAATTATTGGCTATTGTTTCACTCATTATTATATTAGTAGAAAGTGAATGCTCCGATGACGGCAGTTTCCGGCAACGGCCACAGATCTCATGTATTGGCGGTTCCACTCCCTGCCCAAGGCCACGTGAAGCCGCTGATGAGCCTCTGCCGCCAAATAGCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018007
ATGACGGCAGTTTCCGGCAACGGCCACAGATCTCATGTATTGGCGGTTCCACTCCCTGCCCAAGGCCACGTGAAGCCGCTGATGAGCCTCTGCCGCCAAATAGCCAAACACGGCATTAAGGTCACCTTTGTTAACGCCCAATCTATACATCACAAAATACTTTCTGCAGCTGCTGCTGAAGAAGAAGATGATGATTGCGGCGGCAACGTAGTGATGGCGACAGTCCCCGACGGGTTATCGCCCGAGCACGATCCGAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802739.1
MTAVSGNGHRSHVLAVPLPAQGHVKPLMSLCRQIAKHGIKVTFVNAQSIHHKILSAAAAEEEDDDCGGNVVMATVPDGLSPEHDPNNPFMLFETLQKTMPQTLPELIERINSDNPNEKVTCLIADLSFSWIFDIADKMGLEPVGFSPPSVACLAMAFHALKMLERGDLDTNGSLKNGDVISLSDDTPAWRNEELPWRFPDNPKMEKVVIEAIQVYRKASKAKWWLCNSCYELEPAANELLPNALPIGPLNLLDSITDGSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器