当前解析结果
SmilChr03G001576| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001576 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001576 |
| 描述 | RING-H2 finger protein ATL3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 19925517 - 19926318 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018033 |
|---|---|
| GeneID | 131018033 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018033 |
| 原始查询 | LOC131018033 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | RING-H2 finger protein ATL3-like |
| 产物 | RING-H2 finger protein ATL3-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018033 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057802758.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057802758.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802758.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802758.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802758.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:19925767 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B54 |
Chr3:19925779 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B88,C1,C49 |
Chr3:19925800 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B9,C2,C85 |
Chr3:19925810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B98,C48,D5 |
Chr3:19925810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B98,C48,D5 |
Chr3:19925816 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,B54 |
Chr3:19925823 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:19925824 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B124,B31,B52,B79,C50,C55,D8 |
Chr3:19925831 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B67,C46,C58,C85 |
Chr3:19925832 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,C27 |
Chr3:19925863 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,B99 |
Chr3:19925891 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | A24,B124,B127,B15,B2,B31,B49,B58,B96,C42,C54,C72,C79,D11 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。