Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001577`

染色体: Chr03 坐标: 19930203-19939069 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001577`
名称	SmilChr03G001577
描述	uncharacterized SmilChr03G001577
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	19930203 - 19939069 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018035`
GeneID	`131018035`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018035`
原始查询	`LOC131018035`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Metal-dependent phosphohydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838304]; symbol=AT1G17330; hit=AT1G17330; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Metal-dependent phosphohydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838304]; symbol=AT1G17330; hit=AT1G17330; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G17330` (AT1G17330) Metal-dependent phosphohydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838304] identity=72.5; qcov=0.978; evalue=2.51e-112; confidence=high
Rice	`Os10g0486000` (CYP86A7-3) - identity=64.4; qcov=0.933; evalue=2.25e-94; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01966 (HD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018035

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057802759.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057802759.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802759.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802759.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802759.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:19930542`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B5,B57
`Chr3:19930570`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A7,B80
`Chr3:19930570`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A7,B80
`Chr3:19931280`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B58,B60,C24,C55,C65
`Chr3:19931280`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B58,B60,C24,C55,C65
`Chr3:19938877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr3:19938952`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	8	B105,B28,B41,B44,B48,B71,B94,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802759.1

223 aa

112

223

PF01966 HD 28-133 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802759.1`	Pfam	`PF01966`	HD	Family	28	133	2.6e-09	38.1	HD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946776.1
GATATTTTGGTTAGCAATACATTTTCTCTCTCTTCTCTCTCGAGAGAAACAATGTCCAAAGCAGACATACTGCTAAAAGCAGAAGAATTGGTGAAATTCAGCATGAAAGGAAACGATGCATCCCACGACGCCGCACACGCGTTTAGAGTGAGAGACCTCGCTCTCTTTCTTGCCCGTGAAGAGGGTTTCTCCGCTTCTCCCCATTCCATGCTTATCGTGGAATTAGCTGCACTTCTTCATGATATAGCGGACTATAAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018035
ATGTCCAAAGCAGACATACTGCTAAAAGCAGAAGAATTGGTGAAATTCAGCATGAAAGGAAACGATGCATCCCACGACGCCGCACACGCGTTTAGAGTGAGAGACCTCGCTCTCTTTCTTGCCCGTGAAGAGGGTTTCTCCGCTTCTCCCCATTCCATGCTTATCGTGGAATTAGCTGCACTTCTTCATGATATAGCGGACTATAAGTATATAAGGGATCCATCGGAAGAAAAAACTGTTGAGAAGTTTCTTGTAGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802759.1
MSKADILLKAEELVKFSMKGNDASHDAAHAFRVRDLALFLAREEGFSASPHSMLIVELAALLHDIADYKYIRDPSEEKTVEKFLVDEGVDENTKTSVLSIIKGMGFKEEIGGLRESSQCPEFGVVQDADRLDAIGAIGIARCFTFGGSRNIALHDPQIKPRSDLSKEKYMNKDEQTSVNHFHEKLLKLKKLMKTKAGERRAERRHKFMEEFVEEFYQEWDGRA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器