Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001606`

染色体: Chr03 坐标: 20407165-20410153 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001606`
名称	SmilChr03G001606
描述	probable WRKY transcription factor 43
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	20407165 - 20410153 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018060`
GeneID	`131018060`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018060`
原始查询	`LOC131018060`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable WRKY transcription factor 43
产物	probable WRKY transcription factor 43
Arabidopsis	`AT1G64000` (WRKY56) WRKY DNA-binding protein 56 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842703] identity=79.4; qcov=0.583; evalue=2.89e-59; confidence=medium
Rice	`Os01g0734000` (OsWRKY23) - identity=64; qcov=0.794; evalue=3.16e-59; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03106 (WRKY)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018060

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802772.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802772.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802772.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802772.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057802772.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:20409596`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr3:20409692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr3:20409748`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B99
`Chr3:20409748`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802772.1

175 aa

175

WRKY

PF03106 WRKY 97-154 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802772.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	97	154	5.3e-26	91.3	WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946789.1
TAAATCCATTTCGGCACGTCTACTTTGAGGAGGTTGAACAGATCATAGTTTAGTTAGGTGAATTGTGGTTGGCTTTCTCAAATATTACAAGCCAAATAAGGCCTCTCATGACTCAAATTGATCCAAGCCTTCCTATGCATATTAATCTAGCTATTTCCAAATATTTTTCCCACCTAACCCTCTATAAAATCTAATGTGGGATCCATTAATCTAGCTTCAACATTTTCAAGAAAATTTTGGCTCAAGTCCCATATTCTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018060
ATGGAAGGCGAAAACTTCCCCTACTTCTTCGGCTCGTCGCCGTTCCCGTTGAGTGGTTCGTCCACGAATGTTCTAGAACAATCCATGCAAAACCCTAGTTTTCCATCATCTGATCATATGGATCTGGCTAGCCTTTTGTCTGCCGGCTCGATCGAGCAGAATCCTGGCTCGACGGCGTCGAGGGAAGTAGATCAAAACGGCAGCAGAAGTAAGTCTAGGTTTGGGAAAAAGAAGAAATATGTTCCGCAGAGAGTGGCGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802772.1
MEGENFPYFFGSSPFPLSGSSTNVLEQSMQNPSFPSSDHMDLASLLSAGSIEQNPGSTASREVDQNGSRSKSRFGKKKKYVPQRVAFHTRSEEDILDDGYKWRKYGQKSVKNSVHPRSYYRCTHHTCNVKKQIQRLSKDNSVVVTTYEGIHNHPCEKLMETLSPLLKQLQFLSRF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器