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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000348

染色体: Chr03 坐标: 3916398-3917393 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000348
名称SmilChr03G000348
描述GDSL esterase/lipase At3g62280-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向3916398 - 3917393 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018122
GeneID131018122
locus_tag-
NCBI NameLOC131018122
原始查询LOC131018122

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At3g62280-like
产物GDSL esterase/lipase At3g62280-like
ArabidopsisAT3G62280 (AT3G62280)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825401]
identity=43.6; qcov=0.96; evalue=3.79e-61; confidence=medium
RiceOs01g0329900 (OsGELP14)
-
identity=44.5; qcov=0.876; evalue=2.38e-55; confidence=medium
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018122

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057802827.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802827.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802827.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802827.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802827.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:3916463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C5
Chr3:3916524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr3:3916530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:3916574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C58
Chr3:3916580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,B94
Chr3:3916609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr3:3916620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:3916726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C33
Chr3:3916745 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 16 A7,B11,B111,B127,B129,B37,B77,C1,C17,C30,C5,C63,C75,C76,C8,D3
Chr3:3916771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C87
Chr3:3916785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr3:3916801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B20,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802827.1
251 aa
N
1
126
251
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 30-241 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802827.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 30 241 3e-25 90.3 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946844.1
ATGAAATCAATTTCTCTCTGTCTGCGAAGACTCAGCCTAGAGTATCTCAATACGGCGACGGCGGCCGCTTGCAGCAACGAACCACTAATATTCAACTTCGGAGATTCCAACAGCGACACAGGCGGCGCTTCTGTTCTTGGAGGGAAGCCGCTCGAGTTCCCGGAGGGGCGAACATTCTTTCACGAGCCAACCGGCCGTGTAAGCAATGGTCGCCTCATCCTCGACTTTTTATGCGAGAGTCTGGAGACGAAGTTCTTGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018122
ATGAAATCAATTTCTCTCTGTCTGCGAAGACTCAGCCTAGAGTATCTCAATACGGCGACGGCGGCCGCTTGCAGCAACGAACCACTAATATTCAACTTCGGAGATTCCAACAGCGACACAGGCGGCGCTTCTGTTCTTGGAGGGAAGCCGCTCGAGTTCCCGGAGGGGCGAACATTCTTTCACGAGCCAACCGGCCGTGTAAGCAATGGTCGCCTCATCCTCGACTTTTTATGCGAGAGTCTGGAGACGAAGTTCTTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802827.1
MKSISLCLRRLSLEYLNTATAAACSNEPLIFNFGDSNSDTGGASVLGGKPLEFPEGRTFFHEPTGRVSNGRLILDFLCESLETKFLTPYLELFTPDFSNGVNFALAGADSRVGISIPPNAFTLGNQFAELSRFQNVSIRRGSLDAGQVKSALFMLDIGQNDLQFDSDNLTPQEVLERVPIVASNIRDTMQKLYQLGGRNFWVHNTGPLGCLPSNVARINASTAVDEYGCVSDRNKAAAAFNLLSIDPRRRC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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