当前解析结果
SmilChr03G000348| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000348 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000348 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At3g62280-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 3916398 - 3917393 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018122 |
|---|---|
| GeneID | 131018122 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018122 |
| 原始查询 | LOC131018122 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At3g62280-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At3g62280-like |
| Arabidopsis | AT3G62280 (AT3G62280)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825401] identity=43.6; qcov=0.96; evalue=3.79e-61; confidence=medium |
| Rice | Os01g0329900 (OsGELP14)- identity=44.5; qcov=0.876; evalue=2.38e-55; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018122 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057802827.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802827.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802827.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802827.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802827.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:3916463 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C30,C5 |
Chr3:3916524 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr3:3916530 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:3916574 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,C58 |
Chr3:3916580 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B85,B94 |
Chr3:3916609 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr3:3916620 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr3:3916726 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C33 |
Chr3:3916745 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 16 | A7,B11,B111,B127,B129,B37,B77,C1,C17,C30,C5,C63,C75,C76,C8,D3 |
Chr3:3916771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B133,C87 |
Chr3:3916785 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr3:3916801 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B20,C61 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802827.1PF00657
Lipase_GDSL 30-241 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802827.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 30 | 241 | 3e-25 | 90.3 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。