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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000453

染色体: Chr03 坐标: 4838988-4839974 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000453
名称SmilChr03G000453
描述cytosolic sulfotransferase 5-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向4838988 - 4839974 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018171
GeneID131018171
locus_tag-
NCBI NameLOC131018171
原始查询LOC131018171

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytosolic sulfotransferase 5-like
产物cytosolic sulfotransferase 5-like
ArabidopsisAT3G45070 (AT3G45070)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823642]
identity=48.9; qcov=0.985; evalue=1.33e-115; confidence=high
RiceOs04g0526300
-
identity=48; qcov=0.979; evalue=7.73e-101; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0008146 (sulfotransferase activity); GO:0051923 (sulfation)
KEGG-
PfamPF00685 (Sulfotransfer_1); PF13469 (Sulfotransfer_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018171

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057802872.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057802872.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802872.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802872.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802872.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:4839116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:4839119 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 20 A15,A6,B34,B40,B47,B56,B6,B80,B90,B92,B96,C10,C25,C45,C58,C62,C74,C75,C81,C85
Chr3:4839168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B35,C71
Chr3:4839200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr3:4839237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr3:4839251 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 26 A23,A9,B114,B127,B128,B15,B25,B37,B5,B77,B82,B84,B98,C1,C16,C3,C39,C4,C41,C51,C54,C60,C81,C83,C84,C9
Chr3:4839300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:4839320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C30,C8
Chr3:4839323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B23,C39
Chr3:4839338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr3:4839351 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B140
Chr3:4839357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802872.1
328 aa
N
1
164
328
Sulfotransfer_1
Sulfotransfer_3
C
PF00685 Sulfotransfer_1 62-324 aa PF13469 Sulfotransfer_3 155-247 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802872.1 Pfam PF00685 Sulfotransfer_1 Domain 62 324 1e-72 245.4 Sulfotransferase domain
XP_057802872.1 Pfam PF13469 Sulfotransfer_3 Domain 155 247 9.8e-10 39.8 Sulfotransferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946889.1
ATGTCAGCATCTTCAAATTTTTTCCGATCGCCACAACTATCTCAAGACTTCAAAGAGTTCCTCTCCACTCTCCCCAAAGAAAAAGGAAAAGACTCTCTCTACCGCTATCATTATCAAGGTTTCTGGTACTTGGACCTCCTTCTAGAAGCTCTAATCTCATGCCAACAACATTTCCAAGCCGAGGATTCCGACGTCTTCGTCACCTCCACTCCCAAATGCGGCACCACGTGGCTGAAGGCCATCGCCTTCGCCCTACTTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018171
ATGTCAGCATCTTCAAATTTTTTCCGATCGCCACAACTATCTCAAGACTTCAAAGAGTTCCTCTCCACTCTCCCCAAAGAAAAAGGAAAAGACTCTCTCTACCGCTATCATTATCAAGGTTTCTGGTACTTGGACCTCCTTCTAGAAGCTCTAATCTCATGCCAACAACATTTCCAAGCCGAGGATTCCGACGTCTTCGTCACCTCCACTCCCAAATGCGGCACCACGTGGCTGAAGGCCATCGCCTTCGCCCTACTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802872.1
MSASSNFFRSPQLSQDFKEFLSTLPKEKGKDSLYRYHYQGFWYLDLLLEALISCQQHFQAEDSDVFVTSTPKCGTTWLKAIAFALLNRRRHPAASGDHPLISSNPHDLVPFLEMGLYGTSKALDIASFPSPRLLATHVPYSSLPESIRSSGSKCKILYVARDLKDALVSEWHFLARSGVPDLTVAETFKEFCEGLSIYGPFWDHVLGYWKESLENPDRVLFLKYEDMKARPAAEVRRVAEFLGCPFSAEEEEAGEVDRIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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