Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000461`

染色体: Chr03 坐标: 4911930-4919824 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000461`
名称	SmilChr03G000461
描述	putative disease resistance RPP13-like protein 3
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	4911930 - 4919824 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018173`
GeneID	`131018173`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018173`
原始查询	`LOC131018173`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative disease resistance RPP13-like protein 3
产物	putative disease resistance RPP13-like protein 3
Arabidopsis	`AT3G46730` (AT3G46730) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823826] identity=28.4; qcov=0.567; evalue=1.74e-50; confidence=low
Rice	`Os08g0424700` (P0456B03.103) - identity=27.6; qcov=0.547; evalue=4.62e-53; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018173

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057802875.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057802875.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057802875.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802875.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802875.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:4911937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B1,B126,B134,B68
`Chr3:4912026`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,B76,C43,C49
`Chr3:4912039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr3:4912049`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,B85
`Chr3:4912118`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,C35,D1
`Chr3:4912128`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr3:4912262`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A7,B8,B80,C42,C60
`Chr3:4912262`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B8,B80,C42,C60
`Chr3:4912263`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B139,B87
`Chr3:4912284`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr3:4912307`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr3:4912343`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B130,B40,B54,B69,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802875.1

1073 aa

536

1073

NB-ARC

LRR_14

PF00931 NB-ARC 159-313 aa PF00931 NB-ARC 496-659 aa PF23598 LRR_14 879-1059 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802875.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	159	313	1.5e-56	191.4	NB-ARC domain
`XP_057802875.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	496	659	1.5e-56	191.4	NB-ARC domain
`XP_057802875.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	879	1059	2.3e-21	76.7	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946892.1
GACTTTTTTTATTCTACATTTTGACGAAGACTTTTGGAATCCTATAAACGAAAGAGCAAGTTCATCAAGATTTCTCTTGCAACTTTGTTGTGGGTTGAAAGATATAACACTCTACCTTTCAAATCACAGCACACGCAACGATAAGGATAGAGGATTCATCGCAAGATCAAATTTAAGGAAAAGGGAGGATTCAATCGGAAAGTCGATCAAGACGAGCAAACATAAGAAGAAGAATCACAAAAAGTTTGGTCCAACTCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018173
ATGGCAGCGGAGGAGGCCCTCATCTTATCCATGATAAAAAAGCTGGAAATTTGGGAAACAAGGGTTTCCTGCTTGAGCTTTCGTAAGATCATACCGTGCTTCTTCGATAGCAGAAGGAGCGAAACCGAAACAAAAGTGACAGATGAGCTGAGAATGATCTTGGATATCCTAAGAGACAAGAAACTTAAATTAAGAGAGTGGAGAAGGCTACATTATTTCACATCTGATCTCGTTGAGATGGCTCTCGATGCCCTCGACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802875.1
MAAEEALILSMIKKLEIWETRVSCLSFRKIIPCFFDSRRSETETKVTDELRMILDILRDKKLKLREWRRLHYFTSDLVEMALDALDLYQHQETYSIYDEMESIKCWIREIKLRLLKFSERSENVGDEDNDEDEDVVGLEEDVELLLHPKILNPNRSRGPFIIKGMAGIGKTTLARRLYNHPVLVDRFERRAWVCVSNELTIKEVLMKLIQQVVVGDSEQIQRDLLLEYMERADNTSLQQMLYQCLQGLRYFIVFDDLPKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器