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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000465`

染色体: Chr03 坐标: 4970292-4973549 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000465`
名称	SmilChr03G000465
描述	uncharacterized SmilChr03G000465
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	4970292 - 4973549 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018175`
GeneID	`131018175`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018175`
原始查询	`LOC131018175`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00710` - identity=33.7; qcov=0.093; evalue=3.6e-07; confidence=weak
Rice	`Os08g0125300` - identity=35.1; qcov=0.394; evalue=1.11e-78; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00665 (rve); PF13976 (gag_pre-integrs); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD); PF25597 (SH3_retrovirus)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018175

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057802878.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057802878.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057802878.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057802878.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802878.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:4970306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B19
`Chr3:4970309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr3:4970314`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B5,C31,C37
`Chr3:4970315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B14
`Chr3:4970321`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr3:4970326`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr3:4970344`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B115,B138,C18,C23
`Chr3:4970351`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,C17
`Chr3:4970384`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B42,C34,C87,D9
`Chr3:4970390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B71,C26,C74
`Chr3:4970408`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr3:4970423`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B25,B80,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802878.1

1085 aa

542

1085

Retrotran_gag_2

Pol_BBD

gag_pre-integrs

rve

SH3_retrovirus

PF14223 Retrotran_gag_2 34-196 aa PF22936 Pol_BBD 636-710 aa PF13976 gag_pre-integrs 750-803 aa PF00665 rve 824-922 aa PF25597 SH3_retrovirus 996-1051 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802878.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	34	196	6.1e-22	78.9	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057802878.1`	Pfam	`PF22936`	Pol_BBD	Domain	636	710	5e-18	65.9	Pol polyprotein, beta-barrel domain
`XP_057802878.1`	Pfam	`PF13976`	gag_pre-integrs	Domain	750	803	4.8e-15	55.8	GAG-pre-integrase domain
`XP_057802878.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	824	922	1.1e-16	61.6	Integrase core domain
`XP_057802878.1`	Pfam	`PF25597`	SH3_retrovirus	Domain	996	1051	3.4e-17	62.7	Retroviral polymerase SH3-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946895.1
ATGGAGCCGTTTGGTGTTATGCGTCCTCCTATCCTTGATGGTGCAAACTACTCGGCCTGGAGGATAAGAATCCGGCAGTACATCAAGGCTATCGATCTTAAAGCCTGGCACTGCGTCGAAGAAGGGTGGTCTGCTCCCAAGACCACTGATGCCCATGGTGATGTGATCTTGACACCACCTGCTCAATGGAGTCGAGCTGAGTTCGAGGAGGCAAATTTTAACGAAAAGGCTATGCATGCTATCTATTCTTTCGTGGACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018175
ATGGAGCCGTTTGGTGTTATGCGTCCTCCTATCCTTGATGGTGCAAACTACTCGGCCTGGAGGATAAGAATCCGGCAGTACATCAAGGCTATCGATCTTAAAGCCTGGCACTGCGTCGAAGAAGGGTGGTCTGCTCCCAAGACCACTGATGCCCATGGTGATGTGATCTTGACACCACCTGCTCAATGGAGTCGAGCTGAGTTCGAGGAGGCAAATTTTAACGAAAAGGCTATGCATGCTATCTATTCTTTCGTGGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802878.1
MEPFGVMRPPILDGANYSAWRIRIRQYIKAIDLKAWHCVEEGWSAPKTTDAHGDVILTPPAQWSRAEFEEANFNEKAMHAIYSFVDMNMFNLIKNNTSAKEQWDILQRHCEGDTSVKETRLRLLTTKFENMKMDEGEDIKEYSKRILSVANECRELGDPISNRVLVSKALRTLPPRFEMKITTIETSQNVASLEFVDLMNTLRTYEMTLEERGLLHKKKAVAFNAGCSSTTTTSSHILQIRDLEDSEELEEIHEGDDVAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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