当前解析结果
SmilChr03G000499| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000499 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000499 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 86A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 5356594 - 5361218 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018185 |
|---|---|
| GeneID | 131018185 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018185 |
| 原始查询 | LOC131018185 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 86A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 86A1-like |
| Arabidopsis | AT2G36970 (AT2G36970)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818271] identity=46.2; qcov=0.893; evalue=1.37e-43; confidence=medium |
| Rice | Os10g0442400- identity=45.3; qcov=0.723; evalue=1.91e-30; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018185 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057802890.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057802890.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057802890.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802890.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802890.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:5360814 |
CGA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B110,B117,B125,C32,C40,C60,C76 |
Chr3:5360855 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C60,C80 |
Chr3:5360888 |
G |
GTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B110 |
Chr3:5360888 |
G |
GTC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr3:5360890 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B1,B139,B24,B99,C6 |
Chr3:5360890 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B1,B139,B24,B99,C6 |
Chr3:5360943 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C81 |
Chr3:5360943 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr3:5361060 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B131,C32,C68,D1,D7 |
Chr3:5361073 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A22,B108,B135,B35,B56 |
Chr3:5361120 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C30 |
Chr3:5361120 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802890.1PF00201
UDPGT 46-144 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802890.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 46 | 144 | 1.4e-14 | 54.5 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。