Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000527`

染色体: Chr03 坐标: 5644745-5645521 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000527`
名称	SmilChr03G000527
描述	F-box protein At3g07870-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	5644745 - 5645521 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018195`
GeneID	`131018195`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018195`
原始查询	`LOC131018195`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein At3g07870-like
产物	F-box protein At3g07870-like
Arabidopsis	`AT3G06240` (AT3G06240) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819798] identity=28; qcov=1.05; evalue=1.02e-16; confidence=low
Rice	`Os02g0199500` (OsFbox071) - identity=27.3; qcov=0.581; evalue=4.38e-06; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03478 (Beta-prop_KIB1-4); PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018195

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057802902.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057802902.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802902.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802902.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802902.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:5645017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr3:5645211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,B65
`Chr3:5645291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr3:5645346`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,C52
`Chr3:5645353`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B121,B40,C30,C4,C42
`Chr3:5645376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr3:5645395`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B117,B47
`Chr3:5645506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802902.1

258 aa

129

258

Beta-prop_KIB1-4

FBA_1

FBA_3

PF03478 Beta-prop_KIB1-4 3-183 aa PF07734 FBA_1 6-175 aa PF08268 FBA_3 6-180 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802902.1`	Pfam	`PF03478`	Beta-prop_KIB1-4	Repeat	3	183	5.4e-07	30.1	KIB1-4 beta-propeller
`XP_057802902.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	6	175	3.8e-20	72.9	F-box associated beta propeller domain
`XP_057802902.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	6	180	3.2e-16	60.0	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946919.1
ATGGAGTCCGTCCGTATAGTGGGGTGCTGTAATGGGCTGGTCTGCTGCTGCATTGATCTCAGGAGAGGGCGTTTCTTACTATGGAATCCTGCCACCAGAATCTCCATGGAATTACCACAATTGGTATTAGAGAATAGAGACTGGCCCTCGTCCATATCCGGATTCGGTTGGAATGAATCGAGCGGTGCATACAAGGTGTTTGTGGTTTTGCGTAGCAGTAGAAAGTTTATGGGTAGAGTTTATAGTTCAAACACAAATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018195
ATGGAGTCCGTCCGTATAGTGGGGTGCTGTAATGGGCTGGTCTGCTGCTGCATTGATCTCAGGAGAGGGCGTTTCTTACTATGGAATCCTGCCACCAGAATCTCCATGGAATTACCACAATTGGTATTAGAGAATAGAGACTGGCCCTCGTCCATATCCGGATTCGGTTGGAATGAATCGAGCGGTGCATACAAGGTGTTTGTGGTTTTGCGTAGCAGTAGAAAGTTTATGGGTAGAGTTTATAGTTCAAACACAAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802902.1
MESVRIVGCCNGLVCCCIDLRRGRFLLWNPATRISMELPQLVLENRDWPSSISGFGWNESSGAYKVFVVLRSSRKFMGRVYSSNTNSWKTVEFFDIGLIHSKAHFVSGKLHWLHIKNTDETDNYEIATFDLKKEEFGVMKLPRGAKSVRLGVNEGRLTMILEKKRTDFDVWVMKQDCWVKVRDGVVYEPCEILPSVAPFCAVDEVEIRLVRGSNFKLYDQARDDVHSQMKKIRDSLQTHLYIESLVSPVPDKNLCRAI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器