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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000579

染色体: Chr03 坐标: 6422532-6425079 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000579
名称SmilChr03G000579
描述uncharacterized SmilChr03G000579
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向6422532 - 6425079 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018208
GeneID131018208
locus_tag-
NCBI NameLOC131018208
原始查询LOC131018208

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=24.6; qcov=0.6; evalue=1.41e-11; confidence=weak
RiceOs06g0205337
-
identity=27.4; qcov=0.52; evalue=2.31e-22; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018208

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057802915.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057802915.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057802915.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802915.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802915.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:6422534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr3:6422549 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:6422553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:6422563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:6422579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B33,C9
Chr3:6422597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A4,B16,B85,C18
Chr3:6422637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B16,B83,C15
Chr3:6422644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,A7,B131,B20
Chr3:6422653 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B13
Chr3:6422653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:6422671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr3:6422676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946932.1
ATGTTTCACTATGAGAAGAAAGGTGGTAGCCCGAAGTTTGATTCTCGGCTTATGGAGTTTCAGATGGTGATCGATCGGTGCAAACTGGTGGACCTTGGGTTTACGGGTGTCCCTTTCACATGGATGAATAACCAAAGTGGAGACGACCACATTCTGGAGCGTTTGGATCGTTCTTTGGTAACGAAGAATGGATCATTGTTCACCCGGGTTACGAAGTTTCACATCTTTCTCGGAAGTCAAGTGATCACTGTCCGGTTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018208
ATGTTTCACTATGAGAAGAAAGGTGGTAGCCCGAAGTTTGATTCTCGGCTTATGGAGTTTCAGATGGTGATCGATCGGTGCAAACTGGTGGACCTTGGGTTTACGGGTGTCCCTTTCACATGGATGAATAACCAAAGTGGAGACGACCACATTCTGGAGCGTTTGGATCGTTCTTTGGTAACGAAGAATGGATCATTGTTCACCCGGGTTACGAAGTTTCACATCTTTCTCGGAAGTCAAGTGATCACTGTCCGGTTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802915.1
MFHYEKKGGSPKFDSRLMEFQMVIDRCKLVDLGFTGVPFTWMNNQSGDDHILERLDRSLVTKNGSLFTRVTKFHIFLGSQVITVRFEEDYQHRKRPFCFEAMWLKDRRCVEGFDKLWASGVAASSVDDVKCKLDAMGPELKLWEKTEFGHVRKQGAELREELARLQHPSHDADSKEEQRAIENELDKLLKKEEIMWKQRSRADWLNEGDCNSGFFHKVAEGRKKRNYIREIHKLDGTSTRKLEEMDVPRIHLRFSMLAID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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