Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000584`

染色体: Chr03 坐标: 6504695-6505405 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000584`
名称	SmilChr03G000584
描述	uncharacterized protein At4g02000-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	6504695 - 6505405 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018210`
GeneID	`131018210`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018210`
原始查询	`LOC131018210`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ta11-like non-LTR retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818757]; symbol=AT2G41590; hit=AT2G41590; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Ta11-like non-LTR retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818757]; symbol=AT2G41590; hit=AT2G41590; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G41590` (AT2G41590) Ta11-like non-LTR retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818757] identity=26.6; qcov=0.958; evalue=3.95e-19; confidence=low
Rice	`Os12g0156200` - identity=27.9; qcov=0.835; evalue=3.99e-18; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14111 (DUF4283); PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018210

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057802918.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057802918.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057802918.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802918.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802918.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:6504700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B95,C60
`Chr3:6504719`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr3:6504790`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B11,B130,B52,B91
`Chr3:6504790`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B11,B130,B52,B91
`Chr3:6504806`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B11,B130,B52
`Chr3:6504806`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B11,B130,B52
`Chr3:6504819`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B11,B130,B52
`Chr3:6504819`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B11,B130,B52
`Chr3:6504821`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B11,B130,B52
`Chr3:6504821`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B11,B130,B52
`Chr3:6504823`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B11,B130,B52
`Chr3:6504823`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B11,B130,B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802918.1

236 aa

118

236

DUF4283

zf-CCHC_4

PF14111 DUF4283 27-102 aa PF14392 zf-CCHC_4 170-213 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802918.1`	Pfam	`PF14111`	DUF4283	Domain	27	102	7.2e-19	68.0	Domain of unknown function (DUF4283)
`XP_057802918.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	170	213	2e-16	60.0	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946935.1
ATGGCAGGTTTGAATCTTTCCAATGAAGATGATGAAATACTCATCGACGAGGAGATCACTGGTGAATCAAATGTTGCTGTTGACCTTTGTTTGGTGGGCCGTTTCCTTACTGATCAGCCAATAAATTTCAATCTGATGAGGAGCCGCCTGGCGAGCATTTGGCGTCCGGGGAAGGGAGTTTTTGTTAAAGATATTGGGCAAGGTCGGTTTATATTTCAATTTTTTCACGAGATCGATTTGCTCAGAGTTTATGATGGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018210
ATGGCAGGTTTGAATCTTTCCAATGAAGATGATGAAATACTCATCGACGAGGAGATCACTGGTGAATCAAATGTTGCTGTTGACCTTTGTTTGGTGGGCCGTTTCCTTACTGATCAGCCAATAAATTTCAATCTGATGAGGAGCCGCCTGGCGAGCATTTGGCGTCCGGGGAAGGGAGTTTTTGTTAAAGATATTGGGCAAGGTCGGTTTATATTTCAATTTTTTCACGAGATCGATTTGCTCAGAGTTTATGATGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802918.1
MAGLNLSNEDDEILIDEEITGESNVAVDLCLVGRFLTDQPINFNLMRSRLASIWRPGKGVFVKDIGQGRFIFQFFHEIDLLRVYDGGPWSFGNFSLILHRLKRGEFPLSVPLDILPFWVQIHNLPAGFLTEGVGRLLGNFIGSFLEYDSTNTSEIWRQYMRVRVGVRVLEPLKRFKKLKQKDGTTFVVNFKYERLHVFCFLCGRLGHSESFCELMFNSQSKDMAREWGVDLKAADR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器