当前解析结果
SmilChr03G000592| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000592 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000592 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000592 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 6583413 - 6585685 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018212 |
|---|---|
| GeneID | 131018212 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018212 |
| 原始查询 | LOC131018212 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0357300- identity=51.5; qcov=0.311; evalue=3.35e-65; confidence=low |
| GO | GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05970 (PIF1); PF13604 (AAA_30); PF14214 (Helitron_like_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018212 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057802920.1 |
| 2 | Telomere | 端粒 | 0.40000 | XP_057802920.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057802920.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802920.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802920.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:6583597 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B51,C66 |
Chr3:6583633 |
A |
ATT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B109,B112 |
Chr3:6583633 |
A |
ATT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B109,B112 |
Chr3:6583640 |
TGC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C82 |
Chr3:6583640 |
TGC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr3:6583648 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr3:6583651 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B66 |
Chr3:6583651 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr3:6583679 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B32,B62,C29,C5,C82 |
Chr3:6583715 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 61 | A10,A14,A18,A19,A20,B1,B106,B109,B112,B115,B125,B129,B140,B15,B18,B2,B20,B23,B25,B32,B4,B47,B5,B55,B58,B60,B67,B8,B80,B83,B84,B90,B92,C11,C13,C19,C21,C23,C24,C25,C28,C3,C31,C36,C37,C40,C41,C43,C5,C50,C56,C64,C67,C71,C73,C74,C83,C84,D11,D5,D8 |
Chr3:6583720 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A10,A18,A23,B107,B11,B117,B133,B32,B34,B56,B82,B89,C29,C5,C55,C82,C84 |
Chr3:6583747 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C16 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802920.1PF14214
Helitron_like_N 14-134 aa
PF13604
AAA_30 569-695 aa
PF05970
PIF1 569-717 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802920.1 |
Pfam | PF14214 |
Helitron_like_N | Domain | 14 | 134 | 2e-43 | 149.5 | Helitron helicase-like domain at N-terminus |
XP_057802920.1 |
Pfam | PF13604 |
AAA_30 | Domain | 569 | 695 | 1.9e-06 | 28.5 | AAA domain |
XP_057802920.1 |
Pfam | PF05970 |
PIF1 | Family | 569 | 717 | 1.1e-55 | 189.4 | PIF1-like helicase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。