当前解析结果
SmilChr03G000648| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000648 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000648 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000648 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 7221119 - 7221727 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018233 |
|---|---|
| GeneID | 131018233 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018233 |
| 原始查询 | LOC131018233 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07734 (FBA_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018233 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057802940.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057802940.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057802940.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802940.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802940.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:7221242 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C73 |
Chr3:7221242 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr3:7221264 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B119,B124,B18,B61 |
Chr3:7221264 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | B119,B124,B18,B61 |
Chr3:7221403 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr3:7221568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr3:7221572 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B88 |
Chr3:7221572 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr3:7221603 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B33,C29,C75 |
Chr3:7221625 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr3:7221719 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B127,B63,B95,C1,C79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802940.1PF07734
FBA_1 6-117 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802940.1 |
Pfam | PF07734 |
FBA_1 | Repeat | 6 | 117 | 7e-07 | 29.3 | F-box associated beta propeller domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。