Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000650`

染色体: Chr03 坐标: 7237817-7238344 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000650`
名称	SmilChr03G000650
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	7237817 - 7238344 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018235`
GeneID	`131018235`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018235`
原始查询	`LOC131018235`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
产物	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
Arabidopsis	`AT3G06240` (AT3G06240) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819798] identity=35.3; qcov=1.09; evalue=3.85e-11; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018235

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057802942.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057802942.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057802942.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802942.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802942.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:7237894`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C20
`Chr3:7237949`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	33	A11,A25,A3,A6,B10,B120,B121,B124,B125,B129,B130,B132,B135,B140,B16,B32,B34,B49,B50,B71,B74,B78,B79,C20,C22,C29,C30,C40,C56,C7,C72,C73,D10
`Chr3:7237983`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D11
`Chr3:7237983`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:7237990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A25,A6,B10,B121,B130,B132,B16,B32,B50,B74,C22,C29,C40
`Chr3:7238016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:7238054`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	33	A11,A25,A3,A6,B10,B120,B121,B124,B125,B129,B130,B132,B135,B140,B16,B32,B34,B49,B50,B71,B74,B78,B79,C20,C22,C29,C30,C40,C56,C7,C72,C73,D10
`Chr3:7238107`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	14	A18,A7,B10,B38,B39,B42,B43,B53,B80,B91,C50,C6,C76,D6
`Chr3:7238110`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	14	A18,A7,B10,B38,B39,B42,B43,B53,B80,B91,C50,C6,C76,D6
`Chr3:7238158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,C23,C87
`Chr3:7238189`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B140,C20
`Chr3:7238189`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B140,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802942.1

175 aa

175

FBA_1

FBA_3

PF07734 FBA_1 2-113 aa PF08268 FBA_3 7-105 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802942.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	2	113	1.1e-08	35.2	F-box associated beta propeller domain
`XP_057802942.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	7	105	1.4e-07	31.6	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946959.1
ATGTGCAAAGTTTATAGCTCGAAAACAAATTCATGGAAGACGGTGGAATATCGGGATTTTGGTCTCGTATATGGTGGGGTGCAGTTTGCGAATGGAAAGATTCATTGGCAAAGCGATGGTGGAATGAATGTTTTTGACGTTGTTACATTTGATTTGAAGAGCGAAGAGTTTGGGGTGATGGAGCTGCCATGTGATTCAATACTGAGCTTGGGCGTGCTCGAGGGATACCTTTTCGTGGTCTCTTATAATAAGAGAACATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018235
ATGTGCAAAGTTTATAGCTCGAAAACAAATTCATGGAAGACGGTGGAATATCGGGATTTTGGTCTCGTATATGGTGGGGTGCAGTTTGCGAATGGAAAGATTCATTGGCAAAGCGATGGTGGAATGAATGTTTTTGACGTTGTTACATTTGATTTGAAGAGCGAAGAGTTTGGGGTGATGGAGCTGCCATGTGATTCAATACTGAGCTTGGGCGTGCTCGAGGGATACCTTTTCGTGGTCTCTTATAATAAGAGAACATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802942.1
MCKVYSSKTNSWKTVEYRDFGLVYGGVQFANGKIHWQSDGGMNVFDVVTFDLKSEEFGVMELPCDSILSLGVLEGYLFVVSYNKRTFHFDVWVMKEDSWAKAMDVVVYERCQTIFLVHRVWRDLNAEISLIRGSLHKLNLVEDDNVLSLLGKIKRSLKANIYVESLVSPIFDKKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器