当前解析结果
SmilChr03G000800| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000800 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000800 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000800 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 9151887 - 9154565 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018272 |
|---|---|
| GeneID | 131018272 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018272 |
| 原始查询 | LOC131018272 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00860- identity=26.2; qcov=0.167; evalue=9.46e-09; confidence=weak |
| Rice | Os08g0202300- identity=30.6; qcov=0.425; evalue=1.22e-57; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018272 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057802978.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057802978.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802978.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802978.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802978.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:9151890 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,B47 |
Chr3:9151910 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B30,C87 |
Chr3:9151935 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B34,B89,C30,C87 |
Chr3:9151948 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,C35,C77 |
Chr3:9151959 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,C66 |
Chr3:9151991 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B72,C32,C68,C83 |
Chr3:9151996 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,C56,C60,C86,D10 |
Chr3:9152002 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B132,B4,B88,C24,C81 |
Chr3:9152012 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B126,B63,B97,C51 |
Chr3:9152013 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | A4,B107,B33,B51,B52,B90,B91,B94,C23,C3,C45,C48,C67,D3 |
Chr3:9152018 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B138,B20,B85,C7 |
Chr3:9152031 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C8,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802978.1PF00078
RVT_1 348-507 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 570-668 aa
PF17917
RT_RNaseH 602-697 aa
PF13456
RVT_3 732-849 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802978.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 348 | 507 | 3.6e-32 | 112.6 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057802978.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 570 | 668 | 1.3e-18 | 67.6 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057802978.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 602 | 697 | 1.5e-11 | 45.1 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057802978.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 732 | 849 | 2.3e-17 | 63.8 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。