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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000844

染色体: Chr03 坐标: 9631854-9632618 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000844
名称SmilChr03G000844
描述putative disease resistance protein RGA3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向9631854 - 9632618 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018284
GeneID131018284
locus_tag-
NCBI NameLOC131018284
原始查询LOC131018284

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative disease resistance protein RGA3
产物putative disease resistance protein RGA3
ArabidopsisAT1G58390 (AT1G58390)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842208]
identity=29.5; qcov=1.17; evalue=1.37e-16; confidence=low
RiceOs01g0547000
-
identity=29.8; qcov=1.08; evalue=4.46e-22; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018284

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057802992.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057802992.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802992.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802992.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802992.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:9631854 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 16 A4,A8,B11,B24,B26,B48,B64,B73,C24,C26,C27,C35,C42,C80,C82,D7
Chr3:9631893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr3:9631898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C27,C71,C82,D7
Chr3:9631907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr3:9631970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A9,B111,B59,C20
Chr3:9632044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:9632073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr3:9632141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B131,B21,D1
Chr3:9632161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B78,C5,C75
Chr3:9632183 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B111,B78,C5,C75
Chr3:9632183 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B111,B78,C5,C75
Chr3:9632293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947009.1
ATGGGGAAACAAATGTTGAGAAAATGTGGCGGTCTTCCATTAGCTATAAAAGAGGTTGGAAAACAGTTAGTAGAGAAGAAGGTTTCAGGGGAGAGCGAATGGGAACAACTTCTTGAATTGGTTGATTTTGGTTCAACATTGAAGTTGTTTGAACCATTTTATCATAAATTTGATCCCAAACTGAGGTCATGTTTCTTGTCTATGGCATTCTTTAAGGAAAATTCAACTTTGAGGGCAGAAAAGTTGACACAGATTTGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018284
ATGGGGAAACAAATGTTGAGAAAATGTGGCGGTCTTCCATTAGCTATAAAAGAGGTTGGAAAACAGTTAGTAGAGAAGAAGGTTTCAGGGGAGAGCGAATGGGAACAACTTCTTGAATTGGTTGATTTTGGTTCAACATTGAAGTTGTTTGAACCATTTTATCATAAATTTGATCCCAAACTGAGGTCATGTTTCTTGTCTATGGCATTCTTTAAGGAAAATTCAACTTTGAGGGCAGAAAAGTTGACACAGATTTGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802992.1
MGKQMLRKCGGLPLAIKEVGKQLVEKKVSGESEWEQLLELVDFGSTLKLFEPFYHKFDPKLRSCFLSMAFFKENSTLRAEKLTQIWVVVGAAQEYKESESYLDGLVNESVIDVKDKSTEYCMNFVLHMLSIQKAEEEFSFEILIRNNGNNRPSESPHHHRVIICSRDKFNYSTDHDKLLVSLFFHGGGHLDTSPSYWKSFEQLQILDLEDFGLKFLPESIDTLMELRHLGLRNNYIKELPESLGCLKNLKVLDI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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