Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000926`

染色体: Chr03 坐标: 10604452-10607730 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000926`
名称	SmilChr03G000926
描述	uncharacterized SmilChr03G000926
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	10604452 - 10607730 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018304`
GeneID	`131018304`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018304`
原始查询	`LOC131018304`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]; symbol=CRK8; hit=AT4G23160; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]; symbol=CRK8; hit=AT4G23160; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G23160` (CRK8) cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=39.7; qcov=0.464; evalue=1.06e-64; confidence=medium
Rice	`gene-orf490` (orf490) - identity=34.9; qcov=0.378; evalue=4.01e-43; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07727 (RVT_2); PF25597 (SH3_retrovirus)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018304

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803012.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057803012.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803012.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803012.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803012.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:10604480`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	A1,A14,B119,B122,B136,B140,B64,C18,C46,C51,C60,C66,C82
`Chr3:10604593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B27,B62,B79,B94,C28
`Chr3:10604593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B62,B79,B94,C28
`Chr3:10604598`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	99	A1,A11,A15,A19,A2,A20,A23,A24,A25,A5,A6,A7,A8,A9,B102,B106,B11,B110,B112,B118,B123,B127,B130,B132,B136,B137,B139,B140,B16,B17,B18,B19,B26,B27,B28,B34,B35,B38,B39,B40,B42,B44,B45,B5,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B6,B65,B69,B71,B72,B76,B77,B78,B79,B84,B93,B96,C17,C18,C19,C20,C27,C28,C30,C31,C34,C39,C41,C42,C43,C44,C45,C49,C5,C53,C54,C57,C59,C60,C62,C65,C69,C71,C73,C79,C8,C80,C83,C85,C86,C87,C9,D3,D9
`Chr3:10604601`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	86	A1,A13,A15,A18,B10,B101,B102,B104,B105,B106,B108,B109,B110,B112,B123,B125,B127,B129,B133,B135,B136,B137,B14,B140,B16,B17,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B34,B35,B47,B53,B56,B57,B59,B6,B61,B62,B66,B67,B72,B74,B79,B8,B80,B84,B86,B89,B90,B92,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C16,C21,C28,C29,C3,C33,C36,C44,C45,C46,C51,C56,C62,C69,C73,C79,C8,C80,C81,C84,D11,D4,D5
`Chr3:10604604`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	A1,B136,B140,B53,C44
`Chr3:10604604`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	5	A1,B136,B140,B53,C44
`Chr3:10604612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B136,B140,B53,C44
`Chr3:10604917`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B16,B74,B89
`Chr3:10604917`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B16,B74,B89
`Chr3:10605072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B74,B89,C79
`Chr3:10605076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803012.1

743 aa

372

743

SH3_retrovirus

RVT_2

PF25597 SH3_retrovirus 371-405 aa PF07727 RVT_2 529-679 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803012.1`	Pfam	`PF25597`	SH3_retrovirus	Domain	371	405	1.4e-08	35.1	Retroviral polymerase SH3-like domain
`XP_057803012.1`	Pfam	`PF07727`	RVT_2	Domain	529	679	1e-41	143.9	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947029.1
ATGGTAGTTTCTTGGCTGCGTAACTCCGTCAATTTCAAAATTAGCGCGAGCATCATGTATATTGATGACGCGCATCTGATCTGGAATGATCTTAGAGATCGCTTTTCTCAAGGAAATATGGCTCGTGTTTGCCAGCTGAAACAACAACTTCGTAATATGAGGCAGGAATCTGAAGATATTAGATCTCAAATCATCTCTATGATTCCTTTTTCTTCACTATCACGGATTTTTGCTATGGTGCTTCAAGAAGAACGCCAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018304
ATGGTAGTTTCTTGGCTGCGTAACTCCGTCAATTTCAAAATTAGCGCGAGCATCATGTATATTGATGACGCGCATCTGATCTGGAATGATCTTAGAGATCGCTTTTCTCAAGGAAATATGGCTCGTGTTTGCCAGCTGAAACAACAACTTCGTAATATGAGGCAGGAATCTGAAGATATTAGATCTCAAATCATCTCTATGATTCCTTTTTCTTCACTATCACGGATTTTTGCTATGGTGCTTCAAGAAGAACGCCAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803012.1
MVVSWLRNSVNFKISASIMYIDDAHLIWNDLRDRFSQGNMARVCQLKQQLRNMRQESEDIRSQIISMIPFSSLSRIFAMVLQEERQRSIEFVPQPPQINTENSGSMINVMGYARGRNAKGIFLCTKCGKTNHIVDKCFEIIGYPPGYGRGRGKTQLDSGRSVNQVSGAESGNLSKASGIMTTVDMAQSSNDYAPTNTSPPFSGTVSLAPLICSIFSSTLWLLDTGATHDVCNNPSLFTNNSNNSNAHVNLPNGTITLTPN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器