Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000934`

染色体: Chr03 坐标: 10647369-10648797 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000934`
名称	SmilChr03G000934
描述	uncharacterized SmilChr03G000934
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	10647369 - 10648797 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018306`
GeneID	`131018306`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018306`
原始查询	`LOC131018306`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF20167 (Retrotransp-rel)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018306

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803013.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057803013.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057803013.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803013.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803013.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:10647369`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B41,C10,C74
`Chr3:10647369`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B41,C10,C74
`Chr3:10647370`	`TAA`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B41,C10,C74
`Chr3:10647381`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	56	A1,A14,A15,A16,A20,A23,A4,B1,B119,B122,B123,B124,B126,B133,B135,B136,B140,B15,B18,B2,B26,B27,B30,B4,B58,B61,B64,B66,B68,B69,B7,B78,B82,B85,B9,C13,C16,C17,C18,C28,C32,C38,C4,C41,C44,C46,C51,C60,C64,C68,C78,C8,C80,C85,D10,D3
`Chr3:10647384`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	49	A1,A13,A20,A21,A24,A3,A5,B100,B105,B106,B107,B11,B118,B12,B120,B121,B122,B131,B2,B29,B31,B33,B4,B40,B49,B55,B59,B71,B72,B73,B79,B8,B90,B92,B97,B98,C24,C33,C36,C37,C42,C45,C52,C7,C71,D1,D11,D2,D8
`Chr3:10647410`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,B40,C60
`Chr3:10647422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B101
`Chr3:10647422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr3:10647442`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,B78
`Chr3:10647447`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B44
`Chr3:10647476`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B1,B100,B120,B126,C7,C80
`Chr3:10647491`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B109,B31,B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803013.1

444 aa

222

444

Retrotransp-rel

PF20167 Retrotransp-rel 291-443 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803013.1`	Pfam	`PF20167`	Retrotransp-rel	Domain	291	443	1.6e-18	67.9	Putative plant retrotransposon-related domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947030.1
ATGGCTGCGTCGCCGGCAACTGTTCCTCCGGCGATCTCTCCACCGGCGCTCACAGCCTTGTCACTTGCTCCGTCGTCCGAAGCTGAACCGTCTTCTCACCAGACGGAGACGGAGCCCTCCATCCTGAAAAGTTTCGCCCAAAACACCACGATGGAAGAGCAACCACAGGACGTCGTCACCGCCGCCACTCCCTCAGCAACCCCAATCACCACCGTCGCTGCGACCCCTGTCGCCACCTCCACAGCAATCTCTGAAACCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018306
ATGGCTGCGTCGCCGGCAACTGTTCCTCCGGCGATCTCTCCACCGGCGCTCACAGCCTTGTCACTTGCTCCGTCGTCCGAAGCTGAACCGTCTTCTCACCAGACGGAGACGGAGCCCTCCATCCTGAAAAGTTTCGCCCAAAACACCACGATGGAAGAGCAACCACAGGACGTCGTCACCGCCGCCACTCCCTCAGCAACCCCAATCACCACCGTCGCTGCGACCCCTGTCGCCACCTCCACAGCAATCTCTGAAACCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803013.1
MAASPATVPPAISPPALTALSLAPSSEAEPSSHQTETEPSILKSFAQNTTMEEQPQDVVTAATPSATPITTVAATPVATSTAISETLVPVTTAPPEILVSSTARSTEASAAATNLERVFYPDPQNVILPVTVHFASPANSSMPTKVAPNPKKRSQKNVEQPKPRKISTRRSDRIIQQPRKSGPKSPIHIDLEDEEETSGDESNAQGDDEATGQSFEGKKLSDLPLSDAHQTQSSKAAVVDEESDEYHAFSDFDLKMEKAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器